Lekarz został zatrzymany w czerwcu 2005 roku w wyniku policyjnej prowokacji. Po dwóch procesach został prawomocnie uniewinniony, co potwierdził też Sąd Najwyższy. Okazało się bowiem, że za całą akcją stał jego podwładny, a dowody były zbierane niezgodnie z prawem. Dlatego lekarz domagał się od Skarbu Państwa ponad 500 tys. zł w formie odszkodowania za utracone zarobki oraz zadośćuczynienia za przeżycia związane z 50-dniowym pobytem w areszcie. Prokurator chciał oddalenia wniosku jako przedawnionego w tym trybie. Wnioskodawca się spóźnił Uzasadniając wyrok sędzia Janusz Sulima mówił, że wnioskodawca o dwa tygodnie spóźnił się ze złożeniem wniosku. Miał na to rok, licząc od prawomocnego wyroku Sądu Okręgowego w Białymstoku, który zapadł w lutym 2010 roku. Sędzia uzasadniał jednak, że Tomasz Hirnle był przekonany, iż wyrok uprawomocnił się dopiero po orzeczeniu Sądu Najwyższego z listopada 2010, który oddalił kasację prokuratury. Sąd przypomniał też, że aż do kasacji Hirnle czekał z wnioskiem do sądu o uchylenie wobec niego 60 tys. zł poręczenia majątkowego. Sąd ocenił, że w tej sytuacji sprzeczne z zasadami współżycia społecznego byłoby uwzględnienie argumentu prokuratury, że wniosek się przedawnił. Niesłuszne aresztowanie Aresztowanie Tomasza Hirnle było niewątpliwie niesłuszne, wyrządzona mu została krzywda i należy mu się odszkodowanie - uzasadniał sąd. Wyliczył je jednak na dużo mniejszą kwotę, niż chciał lekarz. Sąd argumentował, że kwotą zasadną odszkodowania jest 20 tys. zł za pobyt w areszcie. - Nie może być zatem przyznane odszkodowanie za okres, kiedy po wyjściu z aresztu wnioskodawca nie wykonywał świadczeń zdrowotnych lekarskich na podstawie kontraktu, a na podstawie umowy o pracę, jako asystent - mówił sędzia Sulima. I tłumaczył, że Skarb Państwa nie może odpowiadać za to, iż po uchyleniu aresztu z Tomaszem Hirnle nie został zawarty nowy kontrakt, a chciał on odszkodowania również właśnie z tego tytułu. Sędzia podkreślał, że to odszkodowanie za niesłuszny tymczasowy areszt, a nie za postępowanie karne. Pieniądze za krzywdy moralne 70 tys. zł zadośćuczynienia zostało przyznane za krzywdy moralne. Sędzia Sulima tłumaczył, że na jego wysokość składają się przede wszystkim cierpienia psychiczne lekarza: czas trwania niesłusznego aresztu, dolegliwość tego środka zapobiegawczego oraz "ostracyzm środowiskowy, nieprzychylne reakcje po zwolnieniu z aresztu". W ocenie sądu, poprzez tymczasowe aresztowanie ucierpiała godność osobista Tomasza Hirnle. - Niestety przez wielu ludzi, w tym przez innych lekarzy, wykładowców, studentów, pacjentów, jeszcze przez długi czas będzie on oceniany przez pryzmat jego tymczasowego aresztowania - mówił sędzia Sulima. Dodał, że nie ma jakichkolwiek powodów, by Tomaszowi Hirnle "odmawiać nie tylko miana dobrego kardiochirurga, ale także uczciwego człowieka". Ale sędzia przyznał, że nie będzie łatwo przywrócić lekarzowi dobre imię, którym "cieszył się przed tymczasowym aresztowaniem". Niektórzy zapomnieli o domniemaniu niewinności Zwrócił też uwagę, że wyrządzona lekarzowi krzywda była potęgowana przez media. W ocenie sądu, przynajmniej część mediów zapomniała przy relacjonowaniu tej sprawy o zasadzie domniemania niewinności. Sędzia Sulima mówił, że ci, którzy nie respektowali tej zasady, powinni "przynajmniej uderzyć się teraz w pierś i na przyszłość wyciągnąć odpowiednie wnioski". Prof. Hirnle na publikacji orzeczenia nie było. Prokurator Marek Żendzian z Prokuratury Okręgowej w Białymstoku powiedział, że nie wie jeszcze, czy będzie składał apelację. Zwrócił uwagę, że mimo iż sąd uwzględnił wniosek lekarza, to jednak zasądził kwotę odszkodowania w granicach, które zakreślała prokuratura. W sprawie prowokacji wobec Tomasza Hirnle toczy się odrębny proces. Na ławie oskarżonych zasiada lekarz uznany za inspiratora prowokacji oraz trzech policjantów zajmujących się zwalczaniem korupcji.