W 2005 roku lekarz został zatrzymany w wyniku policyjnej prowokacji i trafił na prawie dwa miesiące do aresztu. Po dwóch procesach został prawomocnie uniewinniony od zarzutu przyjęcia 5 tys. zł łapówki. Potwierdził to Sąd Najwyższy. Okazało się, że za całą akcją stał podwładny lekarza, a dowody przeciwko Hirnlemu były zbierane niezgodnie z prawem. W tej sprawie trwa proces karny. W pierwszym procesie prawomocnie zasądzono lekarzowi 90 tys. zł za niesłuszny areszt (70 zł zadośćuczynienia i 20 tys. zł odszkodowania), ale co do wyższej kwoty odszkodowania, której domagał się Tomasz Hirnle, Sąd Apelacyjny w Białymstoku uznał, że tą kwestią sąd okręgowy musi zająć się jeszcze raz. W Sądzie Najwyższym jest skarga kasacyjna złożona przez prokuraturę, wobec prawomocnej części tego orzeczenia. Prokurator chciał też w tej sytuacji zawieszenia procesu, na co sąd jednak nie zgodził się. Jak tłumaczył w poniedziałek przed sądem pełnomocnik Tomasza Hirnlego, 312 tys. zł odszkodowania, którego się domaga, to różnica między kwotą zasądzoną a tym, ile mógłby zarobić na kontrakcie ze szpitalem klinicznym w Białymstoku. Po wyjściu z aresztu szpital zerwał z nim bowiem kontrakt i zaproponował zatrudnienie etatowe, z dużo niższym uposażeniem. Przesłuchiwany kardiochirurg mówił, że żądaną kwotę wyliczył na podstawie faktur przeprowadzonych przez niego operacji w okresie, gdy był zatrudniony na etacie, a nie na kontrakcie. Mówił też, że cała akcja przeciwko niemu miała na celu jego "śmierć zawodową i społeczną". - Był to bardzo brutalny cios, który na pewno musiał długo być gojony nie tylko w świadomości społecznej, ale także w świadomości moich pracodawców - tak odpowiedział na pytanie prokuratora, dlaczego po wyjściu z aresztu nie został z nim utrzymany kontrakt (ten podpisano ponownie w 2008 roku - PAP), ale była to umowa o pracę. Dyrektor szpitala klinicznego w Białymstoku Bogusław Poniatowski mówił przed sądem, że wpływ na tę decyzję miała przede wszystkim ówczesna atmosfera po zatrzymaniu lekarza i presja, także medialna. Dodał, że do sprawy kontraktu powrócono, gdy wyszło na jaw, że za sprawą stoi ówczesny podwładny Tomasza Hirnle. Sąd odroczył proces bezterminowo. Zażądał ze szpitala m.in. dokumentacji dotyczącej konkursu na stanowisko, o które zabiegał Hirnle w 2008 roku.