Na budowę obwodnicy zgodził się wcześniej minister środowiska. Dolina Rospudy stanowi strefę ciszy i obszar chronionego krajobrazy. Jest też chroniona w ramach projektu "Natura 2000 ". Komisja Europejska jest zdecydowana na zastosowanie przyspieszonej procedury karnej przeciwko Polsce w związku z budową tejże obwodnicy. Choć kwestionowana obwodnica ma być wybudowana w całości ze środków krajowych decyzja Polski w sprawie jej budowy może doprowadzić do braku zgody KE na finansowanie z funduszy unijnych innych projektów transportowych. - Jesteśmy zdecydowani, jeśli Polska rzeczywiście postanowi wbrew naszym zastrzeżeniom rozpocząć budowę, wprowadzić przyspieszoną procedurę karną, która może się zakończyć dla Polski bardzo poważnymi sankcjami (finansowymi)" - powiedziała Helfferich, rzeczniczka komisarza ds. ochrony środowiska Stawrosa Dimasa. Procedury karne prowadzone przez KE wobec krajów członkowskich za łamanie unijnego prawa trwają zwykle nawet latami, zanim wypowie się Trybunał Sprawiedliwości UE. Celem przyspieszonej procedury jest wywarcie presji na rząd w Polsce "na czas", by uniknąć strat w środowisku naturalnym . KE już 12 grudnia uznała, że budowa obwodnicy Augustowa na terenach chronionych w ramach programu Natura 2000 jest niezgodna z prawem unijnym. Rozpoczęła pierwszy etap standardowej procedury przeciwko Polsce, żądając wyjaśnień i wstrzymania prac. Do 15 lutego strona polska ma odpowiedzieć na zastrzeżenia KE. - Gdy się spotkałem z panem ministrem to uzgodniliśmy, że prawo unijne będzie respektowane - powiedział w piątek na konferencji prasowej komisarz Dimas. Przypomniał, że czeka na przesłanie z Polski prawidłowej oceny wpływu tej inwestycji na środowisko. Jeśli wyjaśnienia Polski nie usatysfakcjonują KE i utrzyma ona procedurę karną albo wprowadzi nową, przyspieszoną, KE może zastosować jeszcze inny środek nacisku na Warszawę. Wojewoda podlaski Bohdan Paszkowski podpisał w piątek pozwolenie na budowę obwodnicy Augustowa w dolinie Rospudy, która jest obszarem chronionym w ramach Europejskiej Sieci Ekologicznej Natura 2000. Polska sama wpisała dolinę Rospudy na listę tzw. obszarów specjalnej ochrony ptaków, jako część Ostoi Puszcza Augustowska. Inwestycje na terenach objętych ochroną w ramach sieci Natura 2000 są dozwolone, ale podlegają rygorystycznym przepisom unijnym. "Dyrektywa ptasia" z 1979 roku przewiduje dokładną analizę wpływu projektów na środowisko. W przypadku stwierdzenia niekorzystnych skutków kraje członkowskie są zobowiązane do przedstawienia alternatywnych rozwiązań, np. innego przebiegu trasy. Polscy ekolodzy ostrzegają, że budowa estakady przez dolinę Rospudy oznacza zagładę tego cennego przyrodniczo terenu. Apelują o poprowadzenie drogi kilka kilometrów na północ, w okolicach miejscowości Raczki. Natomiast mieszkańcy Augustowa domagają się, by budowa estakady rozpoczęła się jak najszybciej.