Proces odwoławczy, podobnie jak w pierwszej instancji, odbywa się z wyłączeniem jawności. Karapyta (który od początku zgadza się na podawanie personaliów i pokazywanie wizerunku) został w styczniu 2019 r. skazany przez Sąd Rejonowy w Przemyślu na cztery lata więzienia. Odpowiadał m.in. za gwałt i korupcję. Po wyjściu z sali były marszałek powiedział wówczas dziennikarzom, że od niektórych zarzutów został uniewinniony. "Biorąc to pod uwagę (...) widmo 12 lat zostało zmniejszone" - podkreślił wtedy Karapyta. 12 lata to była maksymalna kara, która mu groziła. Wtedy też zapowiedział złożenie odwołania od wyroku. Gdy je złożył powiedział PAP, że w apelacji wnosi o uniewinnienie. "Dopóki mnie nie skażą będą walczył o uniewinnienie, bo jestem niewinny" - powiedział b. marszałek. Z kolei prokuratura wnosi w apelacji o uznanie oskarżonego winnym w tych zarzutach, w których sąd pierwszej instancji go uniewinnił. Przed sądem były burmistrz i komendant policji Wraz z nim przed przemyskim sądem stanęło jeszcze dwóch innych oskarżonych: Henryk S. - były burmistrz Ustrzyk Dolnych i Robert M. - były zastępca komendanta powiatowego policji w Jarosławiu. Henryk S. został skazany w pierwszej instancji m.in. za wręczanie łapówek Karapycie na 1 rok i 6 miesięcy w zawieszeniu na 5 lat i grzywnę 10 tys. zł. Natomiast Robert M. został skazany za ujawnienie Karapycie tajemnicy śledztwa na grzywnę w kwocie 3 tys. zł. Lubelska prokuratura oskarżyła byłego marszałka województwa podkarpackiego o korupcję, płatną protekcję i zgwałcenie. Postawiła mu łącznie 16 zarzutów. Najobszerniejsza część zarzutów wobec Karapyty dotyczy przestępstw urzędniczych, to znaczy płatnej protekcji i korupcji. Z części zarzutów b. marszałek województwa w pierwszej instancji został uniewinniony. Proces byłego marszałka rozpoczął się w kwietniu 2018 r., po trzech latach od skierowania aktu oskarżenia, który wiosną 2015 r. trafił najpierw do Sądu Okręgowego w Rzeszowie. Razem z nim oskarżonych zostało jeszcze osiem innych osób - sprawy sześciu zostały wyłączone do odrębnych postępowań. Karapyta nie przyznaje się do winy W kwietniu 2016 roku proces Karapyty miał zatem ruszyć przed Sądem Okręgowym w Przemyślu, jednak wówczas się nie rozpoczął - sąd na niejawnym posiedzeniu przychylił się częściowo do wniosku obrońcy jednego z oskarżonych o wyłączenie siedmiorga oskarżonych, w tym Karapyty, do odrębnego postępowania i rozpoznania go przed Sądem Rejonowym w Rzeszowie. Chodziło o zmniejszenie liczby osób oskarżonych w jednej sprawie, czyli o ekonomikę i szybkość procesu. Od tego czasu sprawa byłego marszałka zaczęła krążyć między sądami, które kolejno wyłączały się z orzekania w tej sprawie. Ostatecznie sprawa trafiła do Sądu Rejonowego w Przemyślu. Tu z kolei rozpoczęcie procesu opóźniała niezdolność do stawienia się przed sądem Karapyty, który przeszedł operację. Stosowne zaświadczenia, w tym od biegłych sądowych i ze szpitala, były przedstawiane sądowi. W rezultacie proces ruszył 16 kwietnia 2018 r. W okresie, który obejmował akt oskarżenia, Karapyta pełnił funkcje wojewody podkarpackiego, a później marszałka woj. podkarpackiego. Na te stanowiska desygnowany był przez Polskie Stronnictwo Ludowe, którego był wówczas członkiem. Z ugrupowania wystąpił po postawieniu mu zarzutów przez prokuraturę. Jeden z zarzutów dotyczy zgwałcenia i molestowania seksualnego podległej Karapycie pracownicy. Miało do tego dojść w latach 1999-2001, gdy był on urzędnikiem jednego ze starostw powiatowych woj. podkarpackiego. Karapyta w trakcie śledztwa nie przyznał się do popełnienia żadnego z zarzucanych mu czynów.