O zdarzeniu poinformowano także sąd, przed którym w połowie października ma ruszyć proces przeciwko Antoniemu J. Do napaści doszło na początku września wieczorem, kiedy aresztant, stukając w drzwi, domagał się udzielenia mu pomocy medycznej, mimo że kilka minut wcześniej taka pomoc została mu udzielona. Funkcjonariusz zbliżył się do drzwi i zajrzał przez wizjer, a wtedy Antoni J. opluł go. Uznano to za napaść na funkcjonariusza na służbie i zawiadomiono prokuraturę. Za taki występek grozi kara grzywny, ograniczenia wolności albo pozbawienia wolności do lat 3. - Potwierdzam wpływ zawiadomienia o znieważeniu funkcjonariusza, w dniu dzisiejszym zostało to przekazane policji - powiedziała rzeczniczka Prokuratury Okręgowej w Krakowie Bogusława Marcinkowska. Antoni J. od kilkunastu miesięcy nie stawiał się do krakowskiego sądu na kolejne terminy procesu, w którym miał odpowiadać jako oskarżony m.in. o wyłudzenia, groźby karalne, handel tytułami naukowymi, przekraczanie uprawnień i wykorzystywanie seksualne. Proces miał się rozpocząć półtora roku temu. Oskarżony zasłaniał się dolegliwościami zdrowotnymi i przed terminami rozpraw zgłaszał do szpitali, które potem opuszczał. Tymczasem sąd dysponował opiniami biegłych, że zarówno fizyczny, jak i psychiczny stan zdrowia Antoniego J. umożliwia mu uczestniczenie w rozprawach. Biegli informowali ponadto o możliwości symulowania choroby przez oskarżonego. Ostatecznie w pierwszej połowie 2009 r. sąd postanowił o ściganiu oskarżonego listem gończym i aresztowaniu go na trzy miesiące. Sąd uznał, że jedynie aresztowanie Antoniego J. może zapewnić prawidłowy tok postępowania sądowego. Pod koniec lipca Antoni J. trafił do aresztu na Montelupich w Krakowie. Deklarował tam, że podejmuje głodówkę, ale jej nie podjął.