Od kwietnia ubiegłego roku nie może rozpocząć się proces, w którym Antoni J. jest oskarżony m.in. o wyłudzenia, groźby karalne, handel tytułami naukowymi, przekraczanie uprawnień i wykorzystywanie seksualne. Oskarżony zasłaniał się dolegliwościami zdrowotnymi i przed terminami rozpraw zgłaszał do szpitali, które zaraz potem opuszczał. Tymczasem sąd dysponował na podstawie opinii biegłych, że zarówno fizyczny, jak i psychiczny stan zdrowia Antoniego J. umożliwia mu uczestniczenie w rozprawach. Biegli informowali ponadto o możliwości symulowania choroby przez oskarżonego. Sąd postanowił o ściganiu oskarżonego listem gończym i aresztowaniu go na trzy miesiące po uzyskaniu informacji ze szpitala we Włoszczowej, do którego zgłosił się Antoni J. przed ostatnim terminem procesu. Szpital informował, że pacjent odmówił poddania się leczeniu i opuścił placówkę na własne żądanie. Zdaniem sądu aresztowanie Antoniego J. może zapewnić prawidłowy tok postępowania sądowego. Postanowienie nie jest prawomocne. Sędzia Konrad Gwoździewicz odroczył uzasadnienie postanowienia do 7 kwietnia. Decyzja krakowskiego sądu oznacza, że Antoni J. może wkrótce powrócić do krakowskiego aresztu śledczego, który opuścił pod koniec marca. Były rektor odbywał tam karę 20 dni aresztu, orzeczoną przez rzeszowski sąd grodzki za wykroczenie drogowe. Antoni J. ma odpowiadać przed sądem za wyłudzenie 230 tys. zł z kierowanej przez siebie uczelni i wypowiadanie gróźb pod adresem dziennikarki, dotyczących m.in. nasłania przestępców, którzy ją zgwałcą. Ponadto odpowie za czerpanie korzyści majątkowych i osobistych (w tym seksualnych) od studentów i doktorantów, handel tytułami naukowymi, przekroczenie uprawnień, nakłanianie do fałszywych zeznań i wykorzystywanie seksualne. Do sprawy włączony został także akt oskarżenia, który sporządziła w maju ub.roku krakowska prokuratura. Antoni J. został w nim oskarżony o finansowanie z pieniędzy szkoły swojej kampanii wyborczej do Senatu w 2005 roku, o nakłanianie do fałszywych zeznań i wprowadzenie w błąd dwóch pokrzywdzonych co do wykonywania przez siebie zawodu lekarza i doprowadzenie ich do "innej czynności seksualnej" oraz - jednego z pokrzywdzonych - do obcowania płciowego. Wyroki w sprawach przeciwko Antoniemu J. o wyłudzenia 230 tys. zł z budżetu uczelni i kierowania gróźb karalnych pod adresem dziennikarki zapadały już dwukrotnie przed sądem w Jarosławiu - najpierw osobno, potem łącznie - i dwukrotnie były uchylane. Za trzecim razem Sąd Rejonowy w Jarosławiu zwrócił się do Sądu Najwyższego o przekazanie sprawy do innego miasta. Także Sąd Najwyższy zdecydował, że proces o korupcję i czerpanie korzyści majątkowych i osobistych (w tym finansowych i seksualnych), w którym Antoni J. został już nieprawomocnie skazany przez rzeszowski sąd rejonowy na 5 lat więzienia, po uchyleniu tego wyroku ruszy przed sądem w Krakowie. Procesu tego nie chciały prowadzić ani sąd w Rzeszowie, ani w Jarosławiu. Wszystkie procesy połączone w jeden będą toczyć się przed Sądem Rejonowym dla Krakowa Śródmieścia. W lutym Antoni J. wnioskował o zmianę sędziego, twierdząc, iż obecny nie gwarantuje mu bezstronności ani nawet bezpieczeństwa, lekceważy jego stan zdrowia i nie respektuje zwolnień lekarskich. "To jest po prostu zemsta polityczna na mnie, wielkim Polaku i patriocie, profesorze zwyczajnym, doktorze habilitowanym, doktorze honoris causa, który tyle zrobił dla Polski" - napisał we wniosku Antoni J. Jego argumentacji nie podzielił krakowski sąd, odmawiając uwzględnienia wniosku o wyłączenie sędziego. Sąd wskazał, że nie ma ku temu żadnych przesłanek. W styczniu 2008 r. zwolennicy byłego rektora zakłócili pracę krakowskiego sądu, który decydował o przedłużeniu aresztu Antoniemu J.