Przewodniczący Komisji ds. Kontaktów Zagranicznych Rady Miasta Petersburg, a od 1994 zastępca przewodniczącego RM. W r. 1996 przeniesiony do Moskwy do Biura Administracji Prezydenta Federacji Rosyjskiej. W latach 1997-1998 zastępca szefa administracji prezydenta Jelcyna, następnie dyrektor Federalnej Służby Bezpieczeństwa (w randze pułkownika) oraz sekretarz Rady Bezpieczeństwa Federacji Rosyjskiej. W sierpniu 1998 r. awansowany przez Jelcyna na stanowisko pierwszego wicepremiera, wkrótce p.o. premiera (do maja 2000). Po dymisji Jelcyna p.o. prezydenta; w wyborach prezydenckich (marzec 2000) zwyciężył w I turze osiągając 53,5 proc. głosów. W polityce zagranicznej przyjął kurs na utrzymanie mocarstwowej pozycji Rosji, zbliżenie z Chinami. Wizerunek Putina nadszarpnięty został niezręcznym zachowaniem podczas tragedii zatonięcia wraz z załogą okrętu atomowego "Kursk". W polityce gospodarczej zwolennik umiarkowanego liberalizmu; w polityce wewnętrznej próby ograniczenia wolności mediów i umocnienia władzy prezydenckiej. Po ataku terrorystycznym na Nowy Jork i Waszyngton, we wrześniu 2001 r., opowiedział się za koalicją antyterrorystyczną: jako jeden z pierwszych przywódców światowych złożył prezydentowi telefoniczne kondolencje oraz udostępnił Amerykanom bazy w posowieckiej Azji. Mężczyzna Roku 2001 w sondażu przeprowadzonym na zlecenie tygodnika "Moskowskije Nowosti".