Śledztwo w sprawie korupcji w resorcie obrony wszczęto w lipcu 2001 r. po głośnej publikacji w "Rzeczpospolitej" pt. "Kasjer z Ministerstwa Obrony". Dziennik zarzucał asystentowi Szeremietiewa, Zbigniewowi Farmusowi, żądanie łapówek od koncernów zbrojeniowych i wykazał, że sam Szeremietiew wydał więcej niż zarobił, kupując w krótkim czasie lancię, działkę w willowej dzielnicy Piaseczna i budując luksusowy dom. Szeremietiew tłumaczył się, że wziął pożyczkę od Farmusa. Wkrótce potem, w lipcu 2001 roku Romuald Szreremietiew stracił stanowisko wiceministra obrony. W listopadzie 2001 r. Prokuratura Apelacyjna w Warszawie postawiła mu zarzut "niedopełnienia obowiązków" przez dopuszczenie Farmusa do tajnych materiałów. W czerwcu 2002 r. prokuratura postawiła Szeremietiewowi kolejne zarzuty - tym razem płatnej protekcji i niedopełnienia obowiązków. Zarzut miał związek z Wojskowymi Zakładami Lotniczymi w Bydgoszczy. Według byłego szefa tych zakładów, Szeremietiew miał go namawiać do podpisania umowy na pośrednictwo ze znajomą ówczesnego wiceministra handlującą częściami do samolotów. Prokuratura Apelacyjna w Warszawie kończy śledztwo i zapowiada, że wkrótce skieruje do sądu akt oskarżenia przeciwko Szeremietiewowi. Szeremietiew w ostatnich miesiącach kilkakrotnie nie stawiał się na wezwania prokuratury, która chciała uzupełnić zarzuty wobec niego. W końcu zarzuty postawiono jemu i dilerowi, a w środę Szeremietiew pojawił się, by zapoznać się z aktami, co poprzedza zakończenie postępowania.