Wyznaczony przez Watykan ksiądz przybywa, by prawdzić wiarygodność tych znaków. Bohaterkę filmu w nadzwyczajny sposób kreuje Partricia Arquette ("Ciemna strona miasta", "Zagubiona autostrada", "Mały Nicky"). Film wzbudził wiele kontrowersji, a dostojnicy kościelni nie szczędzili mu krytycznych uwag. Głównym powodem tych opinii był, pojawiający się w filmie, wątek piątej ewangelii, której autorem miał być sam Jezus Chrystus. W 1945 roku odnaleziono tekst, nazwany później piątą ewangelią, który został napisany na początku pierwszego stulecia naszej ery w języku aramejskim, w pierwszej osobie liczby pojedynczej. Tekst ten nie został uznany za autentyczny przez władze kościoła katolickiego. W owym dziele znajdują się treści zaprzeczające obowiązującym dogmatom, m.in. mówiące, że do kontaktu z Bogiem nie potrzeba instytucji Kościoła. Bohaterka filmu Ruperta Wainwrighta "Stygmaty" to 20-letnia, niewierząca fryzjerka, która lubi alkohol i zabawy w nocnym klubie. Pewnego dnia na jej rękach i nogach pojawiają się mocno krwawiące rany, a przy licznych świadkach, w metrze, dochodzi do pojawienia się na plecach dziewczyny ran typowych dla biczowania. Zdarzenie opisują dziennikarze i informacja ta dociera do Watykanu, skąd wysłany zostaje ksiądz Andrew Kiernan, mający wyjaśnić sprawę. Reżyser przyznaje, że szukając obsady do swego filmu, od początku myślał o Patricii Arquette. - Szukaliśmy kogoś, kto nie byłby ofiarą, kto miałby w sobie młodzieńczą energię, a ostatecznie ukazałby poetycką duszę. Patricia jest wyjątkowo żywiołowa, zachwyciło mnie to, co wniosła do swojej roli - powiedział Rupert Wainwright. Z kolei Patricia Arquette tak wspomina pracę nad filmem: "Początkowo wystraszyłam się i nie chciałam brać w tym udziału. Wleczono mną po rozpędzonym wagonie metra, ciągano po podłodze, biegałam po ulicy w deszczu, a wokół zderzały się samochody. Była krew, woda, lewitacja, wybuchająca para, deszcz i wyjący wicher. Pod koniec dnia byłam zadowolona, że mam dobrego kręgarza". W rolach głównych w filmie, obok Patricii Arquette, wystąpili Gabriel Byrne ("Człowiek w żelaznej masce", "Wróg publiczny" "I stanie się koniec") i Jonathan Pryce ("Ronin", "Evita", "Jutro nie umiera nigdy"). Na szczególną uwagę zasługuje ścieżka dźwiękowa z filmu, która trzyma w napięciu równie mocno, jak obraz. Na płycie są utwory takich wykonawców, jak Chumbawamba, Bjork, David Bowie, Massive Attack, Sinead O'Connor. Film "Stygmaty" wprowadziła na ekrany polskich kin firma Monolith.