Na zawodowej scenie debiutował w łódzkim Teatrze im. S. Jaracza spektaklem Foma wg Wsi Stiepanczikowo i jej mieszkańców Fiodora Dostojewskiego (1998). W krakowskim Teatrze im. Juliusza Słowackiego Brzyk wystawił Rzeźnię Mrożka, ale to właśnie z łódzką sceną reżyser związał się na dłużej i tam wyreżyserował swoje najsłynniejsze spektakle. Należy do nich Król Edyp Sofoklesa (1998; Złota Maska dla najlepszego reżysera sezonu w Łodzi, 1999), Historia o Miłosiernej, czyli Testament psa Ariana Suassuny (2004; Złota Maska za najlepszą reżyserię, 2004) i Wojna matka wg Matki Courage i jej dzieci Bertolta Brechta (2004). Przełomowa w twórczości Brzyka okazała się inscenizacja Czarownic z Salem Arthura Millera (Teatr im. S. Jaracza w Łodzi, 2000), spektakl, który przyniósł mu rozgłos i za który w roku 2001 otrzymał Laur Konrada i nagrodę publiczności na IV Ogólnopolskim Festiwalu Sztuki Reżyserskiej "Interpretacje" w Katowicach oraz w tym samym roku statuetkę Wojciecha przyznaną w uznaniu zespołowości w inscenizowaniu na XLI Kaliskich Spotkaniach Teatralnych. Warsztat reżyserski Brzyka często bliski jest praktyce Krystiana Lupy. Krytycy teatralni podkreślają, że wcześniejsza współpraca z Lupą pogłębiła u jego ucznia umiejętność pracy z aktorem i niechęć do teatralnego efekciarstwa, nadmiaru środków. Spektakle Brzyka skupiają się raczej na psychologicznych motywacjach postaci i dogłębnej analizie materiału literackiego niż na oszałamiającej formie teatralnej. Nieprzypadkowo wśród autorów wybieranych przez reżysera tekstów są Fiodor Dostojewski, Sofokles, Arthur Miller czy Sławomir Mrożek. Drugą cechą przejętą od mistrza jest sposób tworzenia świata scenicznego - kształtującego się w pełni w wyobraźni reżysera. Brzyk, podobnie jak Lupa, zazwyczaj sam projektuje scenografię, czasem samodzielnie dobiera muzykę. Stara się tworzyć na scenie rzeczywistość pełną, spójną wewnętrznie. W Teatrze Nowym w Łodzi reżyser wystawił również dobrze przyjętego Kalekę z Inishmaan Martina McDonagha (2000) i Kadisz Grigorija Gorina (2001), spektakl uhonorowany nagrodą zespołową dla realizatorów podczas XLII Kaliskich Spotkań Teatralnych w 2002 roku. Brzyk ma też na swoim koncie spektakle zrealizowane na scenie Teatru Starego w Krakowie, gdzie w 2001 roku miała miejsce premiera jego Wiśniowego sadu Czechowa, a rok później - Cara Mikołaja Słobodzianka, oraz w Teatrze Wybrzeże w Gdańsku (Dialogi o zwierzętach Aleksandra Żelezcowa, 2003). Kolejnym znaczącym sukcesem Remigiusza Brzyka był spektakl Mary Stuart Wolfganga Hildesheimera, zrealizowany w Teatrze Polskim we Wrocławiu w 2003 roku. Przedstawienie doczekało się realizacji telewizyjnej, otrzymało też nagrodę Wrocławskiego Towarzystwa Przyjaciół Teatru dla wydarzenia artystycznego roku 2003. Jak pisał w "Rzeczpospolitej" Rafał Bubnicki, "inscenizacja Remigiusza Brzyka jest jak obrazy holenderskich mistrzów, na których uwagę przykuwają zarówno główni bohaterowie umieszczeni w centrum, jak i postaci drugoplanowe, pozornie tworzące tylko tło. Spektakl jest precyzyjnie skonstruowaną polifoniczną kompozycją, w której motyw przewodni, czyli ostatnie chwile szkockiej królowej, splata się z historią kata i jego pomocnika, lekarza i aptekarza, sekretarza i służących królowej. Reżyser rozgrywa tę wielowątkową historię panoramicznie. Gdy uwagę widza przykuwa przede wszystkim Maria Stuart, z trudem poruszająca się o dwóch laskach na umieszczonym centralnie podeście, na innych planach równolegle trwają przygotowania do egzekucji, które ujawniają skomplikowane związki królowej z osobami z jej otoczenia podczas osiemnastu lat uwięzienia" "Rzeczpospolita", 15.04.2003 Także we Wrocławiu powstawały zrealizowane przez Remigiusza Brzyka przedstawienia dyplomowe studentów Państwowej Wyższej Szkoły Teatralnej: Henryk V Williama Shakespeare'a (1997, dyplom Wydziału Lalkarskiego), Księżniczka na opak wywrócona Pedra Calderóna (2002, dyplom Wydziału Aktorskiego) oraz Wesołe kumoszki z Windsoru Shakespeare'a (2007, dyplom Wydziału Aktorskiego). W latach 2006-2007 Remigiusz Brzyk był dyrektorem artystycznym Teatru Powszechnego w Warszawie, gdzie wcześniej wyreżyserował Małego biesa wg Fiodora Sołoguba (2005). W ostatnich latach reżyser zapraszany był do teatrów, które stawiają na nowy teatr i młodych twórców, umożliwiając im realizację odważnych i często kontrowersyjnych pomysłów artystycznych. W 2007 roku na scenie Teatru Polskiego we Wrocławiu odbyła się premiera Juliusza Cezara Shakespeare'a. Natomiast w roku 2008, w Teatrze Jeleniogórskim im. Cypriana Kamila Norwida artysta przygotował spektakl Okrutne i czułe Crimpa. Prezentowany podczas Boskiej Komedii spektakl Brygada szlifierza Karhana Kani powstał w łódzkim Teatrze Nowym im. Kazimierza Dejmka.