Sieć ma pełnić kluczową rolę w ochronie różnorodności biologicznej terytorium Wspólnoty poprzez zabezpieczenie zagrożonych siedlisk przyrodniczych oraz rzadkich gatunków roślin i zwierząt. Natura 2000 realizuje w ten sposób decyzję powziętą na spotkaniu Rady Europy w Goeteborgu w czerwcu 2001 o powstrzymaniu erozji bioróżnorodności krajów członkowskich do roku 2010. Podstawą dla programu jest Dyrektywa Ptasia (dyrektywa Rady nr 79/409/EWG o ochronie dziko żyjących ptaków), Dyrektywa Siedliskowa (dyrektywa Rady nr 92/43/EWG w sprawie ochrony siedlisk naturalnych oraz dzikiej fauny i flory) oraz szereg innych rozporządzeń i dokumentów wykonawczych. Dyrektywa Ptasia zobowiązuje sygnatariuszy do podjęcia niezbędnych działań w celu ochrony i zachowania wszystkich populacji ptaków naturalnie występujących w stanie dzikim, prawnego uregulowania handlu i pozyskiwania ptaków łownych oraz przeciwdziałania pewnym metodom ich łapania i zabijania. Podstawowym celem Dyrektywy Siedliskowej jest natomiast ochrona różnorodności biologicznej na obszarze państw członkowskich Unii Europejskiej. Zadanie to ma być realizowane poprzez ochronę siedlisk zagrożonych lub/i reprezentatywnych dla poszczególnych regionów biogeograficznych zjednoczonej Europy oraz zachowanie roślin i zwierząt rzadkich i zagrożonych na terenie Wspólnoty. Dyrektywa dzieli Europę na sześć regionów biogeograficznych. W ramach programu wyznaczone zostają tzw. Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków (Special Protection Areas - SPAs) oraz Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk (Special Areas of Conservation - SACs), na których obowiązują specjalne regulacje prawne. Udział w budowie systemu Natura 2000 jest dla państw Unii Europejskiej obowiązkowy. Każdy kraj sam przygotowuje propozycję sieci na jego terytorium. Kryteria te mają wyłącznie charakter przyrodniczy - ocenie podlega m. in. stan obszaru, zagrożenia, stopień izolacji, wartość dla zachowania gatunku lub typu siedliska w skali globalnej. Ze względu na fakt, że potrzeba ochrony przyrody została uznana za nadrzędną, żadne uwarunkowania ekonomiczne nie są brane pod uwagę. Komisja Unii Europejskiej, w porozumieniu z krajami, ustala ostateczną listę obszarów o znaczeniu wspólnotowym, które wejdą w skład sieci. Polska posiada ogromne osiągnięcia w dziedzinie ochrony przyrody w skali europejskiej. Tradycja tworzenia obszarów chronionych w Polsce sięga XIX w. W ostatnich 20 latach powierzchnia obszarów chronionych zwiększyła się z 8,9% do 32,5% powierzchni kraju. Obecnie krajowy system obszarów chronionych tworzą 23 parki narodowe, 1368 rezerwatów przyrody, 120 parków krajobrazowych i 448 obszarów chronionego krajobrazu. Szczególną wagę przykłada się do ochrony gatunkowej roślin i zwierząt. Polska odgrywa wiodącą rolę w procesie restytucji i ochrony wielu gatunków zwierząt, np. żubra, rysia, żółwia błotnego, głuszca i cietrzewia.