Państwa członkowskie zachowują jednak, pomimo tej regulacji, daleko idącą samodzielność w obszarze wymiaru sprawiedliwości i spraw wewnętrznych. Rada Europejska ingeruje, podejmując wspólne działania dopiero wtedy, gdy łatwiej prowadzą one do celu niż samodzielne działania poszczególnych państw. Rada może w takich sytuacjach przyjmować wspólne stanowiska i wspierać współpracę, podejmować wspólne działania, wydawać wspólne konwencje, zalecenia czy opinie dla państw członkowskich. Państwa członkowskie mają natomiast obowiązek wzajemnego informowania się i konsultowania w związku z prowadzonymi działaniami. Jednym z największych problemów Unii jest kwestia imigracji. Najwięcej imigrantów mają: Francja i Niemcy. Wspólna polityka imigracyjna ma za zadanie chronić UE przed napływem nielegalnych imigrantów. W tym celu został utworzony m.in. program EORDAC - baza danych zawierająca odciski palców osób ubiegających się o azyl we wszystkich krajach członkowskich. Został on stworzony, aby przeciwdziałać sytuacji, w której imigrant, nie otrzymawszy zgody na stały pobyt np. we Francji, wyjeżdża do Hiszpanii i tam ponownie się o taką zgodę ubiega. Inną dziedziną współpracy w ramach omawianej polityki jest wspólna ochrona granic. O zniesieniu kontroli policyjnej i celnej w granicach państw członkowskich zdecydowano już w latach osiemdziesiątych. Układ z Schengen z 1985 roku (modyfikowany w późniejszych latach), znosi kontrolę na wewnętrznych granicach państw, które podpisały dokument. Układ podpisały prawie wszystkie z państw Piętnastki - poza Wielką Brytanią i Irlandią - a także Norwegia, Islandia i Lichtenstein, niewchodzące w skład UE. Porozumienie pozostaje otwarte dla kolejnych państw, które spełnią wymogi określone w układzie. W układzie zaproponowano stopniowe zniesienie kontroli granicznych na wewnętrznych granicach UE z jednoczesnym wzmocnieniem kontroli na granicach zewnętrznych; zastąpienie kontroli na granicach wewnętrznych przez kontrole na granicach zewnętrznych UE; rozbudowanie współpracy policyjnej między wszystkimi państwami członkowskimi; stworzenie wspólnej polityki wizowej i azylowej. Dla poprawy bezpieczeństwa na granicach stworzono tzw. SIS, czyli System Informacyjny Schengen - jest to, uzupełniana przez policje wszystkich państw członkowskich baza danych osób niepożądanych, poszukiwanych przedmiotów i pojazdów. Dane osób przekraczających granice są na posterunkach celnych wprowadzane do komputera i ten informuje celnika, czy dany człowiek nie zagraża bezpieczeństwu Wspólnoty. Docelowo będzie to 10 mln danych, dostępnych dla tysięcy policjantów, celników, pracowników wymiaru sprawiedliwości. Konwencję z Schengen włączono do Traktatu Amsterdamskiego (z 1997 roku). W celu zapewnienia bezpieczeństwa na obszarze Wspólnoty, gdzie nie istnieją granice wewnętrzne, konieczne jest także usprawnienie współpracy między policjami. Podstawowym udogodnieniem w tej dziedzinie jest stworzenie możliwości działań policji sąsiadującego kraju na terenach przygranicznych. Chodzi przede wszystkim o możliwość prowadzenia pościgu za uciekającym przez granicę przestępcą. Dla usprawnienia współpracy, po dwudziestoletnich dyskusjach, w 1995 roku został utworzony Europejski Urząd Policyjny - Europol. Działalność Europolu polega głównie na ułatwianiu wymiany informacji dotyczących osób poszukiwanych i przestępstw pomiędzy policjami krajów członkowskich i krajów współpracujących z organizacją. Celem tej wymiany są m.in. zwalczanie przestępczości grup zorganizowanych, terroryzmu, handlu narkotykami, handlu ludźmi oraz przemytu nielegalnych imigrantów. Pozycję Europolu wzmocnił nieco Traktat Amsterdamski. Od października 2001 roku z Europolem stowarzyszona jest polska policja i straż graniczna. Polska, zgodnie z tą umową, nie ma jednak wszystkich praw, jakie posiadają państwa członkowskie. Nie będzie miała m.in. możliwości prowadzenia wspólnych śledztw, prawa głosu w podejmowaniu decyzji oraz pełnego dostępu do informacji zebranych przez Europol. Mniejsze będą też ich uprawnienia operacyjne na terenie UE. 10 marca br. posłowie przyjęli projekt ustawy o ratyfikacji Konwencji o Europolu. 2 maja będzie można oficjalnie złożyć dokumenty o przyjęciu Konwencji w Brukseli, dzięki czemu Polska stałaby się pełnoprawnym członkiem Europolu już we wrześniu 2004 roku. Kolejną dziedziną współpracy w ramach polityki sprawiedliwości i spraw wewnętrznych jest współpraca sądowa między krajami Unii; współpracę tę podzielono na prowadzoną w sprawach karnych i cywilnych. Najważniejszym jej wymiarem jest współdziałanie w kwestiach dotyczących ekstradycji, przekazywania dokumentów prawnych w trakcie prowadzenia rozpraw, wykonywania wyroków karnych wydanych w sądach innego kraju członkowskiego. Za wymiar sprawiedliwości i sprawy wewnętrzne w UE odpowiada Dyrekcja Generalna do Spraw Wymiaru Sprawiedliwości i Spraw Wewnętrznych. Komisarzem odpowiedzialnym za ten obszar jest Antonio Vitorino.