Wzdłuż korytarzy znajdują się krypty z grobami papieży. Większość z nich została pochowana w marmurowych sarkofagach, ozdobionych rzeźbionymi postaciami. Oprócz papieży spoczywa tam szwedzka królowa Krystyna, która abdykowała po nawróceniu się na katolicyzm. W kryptach pod bazyliką leży także cesarz Otton II. Ciało Jana Pawła II zostało złożone w krypcie, w której do 2000 roku znajdował się grobowiec Jana XXIII. Grób przykryty jest białą marmurową płytą. Na wierzchu złotymi literami wyryte są imiona Jana Pawła II po łacinie oraz daty - wyboru na papieża i śmierci (1978, 2005). Tuż nad nim znajduje się płaskorzeźba Matki Boskiej z dzieciątkiem Jezus na kolanach, obok kalie w doniczce. Przed grobem pali się nieduży znicz. Do miejsca, gdzie pochowany jest papież, prowadzi wąski korytarz, który po kilku krokach zmienia się w dość spore pomieszczenie ze swoistymi "komnatami", gdzie pochowani są poprzednicy Jana Pawła II. Wierni, odwiedzający grób Ojca Świętego, do podziemi wpuszczani są niewielkimi grupkami. Nie mogą składać kwiatów i wieńców. Taki zakaz wydał Watykan, by nie dopuścić do całkowitego zakrycia płyty nagrobnej przez naręcza kwiatów. Wyjątek uczyniono tylko dla górali z Podhala, którym pozwolono spędzić przed papieskim grobem więcej czasu i zostawić bukiet polskich kwiatów.