Był asystentem Krystiana Lupy (Sztuka Y. Rezy, Teatr Stary w Krakowie, 1997) i Remigiusza Brzyka (Rzeźnia Sławomira Mrożka, Teatr im. Juliusza Słowackiego w Krakowie, 1999). Podczas studiów filozoficznych założył niezależny teatr i grupę teatralną Arché. Na teatralny debiut wybrał Komedianta T. Bernharda, którego w 2002 roku przedstawił w Teatrze im. Wojciecha Bogusławskiego w Kaliszu, co było drugą inscenizacją tego dramatu o rodzinnej trupie teatralnej w Polsce. Jego kolejny spektakl, zrealizowany w gdańskim Teatrze Wybrzeże to Padnij! (2004). Przedstawienie oparte na tekście Pawła Demirskiego i Andrzeja Mańkowskiego brało udział w Ogólnopolskim Konkursie na Wystawienie Polskiej Sztuki Współczesnej ogłoszonym przez MEN, pokazywane było także w ramach Jeleniogórskich Spotkań Teatralnych oraz w Sankt Petersburgu podczas festiwalu Nowaja Drama. Mogli się z nim zapoznać także krakowscy widzowie podczas Krakowskich Reminiscencji Teatralnych w 2005 roku. Padnij! zrealizowane było jako jeden ze spektakli wchodzących w skład eksperymentalnego projektu Szybki Teatr Miejski, realizowanego przez gdański Teatr Wybrzeże. Ostatecznie okazało się jednym z jego najciekawszych spektakli. Szybki Teatr Miejski opierał się na autentycznych historiach i żywym, współczesnym języku; wchodzące w jego skład premiery przygotowywane były techniką teatru dokumentalnego - verbatim, mającą na celu maksymalne odwzorowanie rzeczywistości przez teatr. Scenariusz pisany techniką verbatim powstawał na podstawie relacji i rozmów z autentycznymi postaciami. Tak właśnie wyreżyserowane zostało Padnij! Reżyser rozpoczął pracę nad spektaklem od podróży na Dolny Śląsk, gdzie spotkał się z żonami polskich żołnierzy, którzy przebywają w Iraku. Ich wypowiedzi i opinie stały się kanwą przedstawienia. Co ciekawe, spektakl, mający możliwie wiernie naśladować rzeczywistość i łudzić widza iluzją podglądania czyjegoś życia, grany był nie na teatralnej scenie, ale w prywatnym mieszkaniu. "Padnij! mówi więcej o współczesnych Penelopach, ich tęsknotach, strachu i codzienności - niż wszystkie relacje w mediach razem wzięte" - pisała o spektaklu recenzentka "Gazety Wyborczej". W 2005 roku Piotr Waligórski związał się z krakowskim teatrem Łaźnia Nowa, gdzie wyreżyserował Cukier w normie Sławomira Shuty spektakl nagrodzony na Ogólnopolskim Konkursie na wystawienie polskiej sztuki współczesnej w 2005 roku, o którym Roman Pawłowski pisał w "Gazecie Wyborczej": "To opowieść o mężczyznach, którzy częściej dotykają pilota tv niż własnej żony, i kobietach, które leczą samotność za pomocą cukru sypanego do herbaty w monstrualnych ilościach. A jednocześnie rzecz o wielkiej potrzebie miłości i o tęsknocie za niebem, które widać tu jedynie przez rurę zsypu na śmieci. Siłą spektaklu jest metafizyczne piętro, które nad światem Shutego zbudował Waligórski. Sceny w ciasnych klitkach przedzielają songi w wykonaniu aktorów przebranych jak żywe reklamy w supermarketach: za kiełbasę, panele w promocji, a nawet wątrobę. W tych groteskowych kostiumach śpiewają poetyckie teksty o miłości i śmierci, a ich występy są jak otwarcie okna w dusznym mieszkaniu" "Gazeta Wyborcza", 27.04.2005 W Łaźni Nowej powstały następne spektakle Piotra Waligórskiego: Lis Filozof Sławomira Mrożka (2005), From Poland with Love P. Demirskiego (2006, kolejny znaczący sukces w dorobku Waligórskiego) oraz Edukator. Odsłona pierwsza Conrada (2008). W Zielonej Górze w 2008 roku w Teatrze im. Leona Kruczkowskiego Piotr Waligórski zrealizował kolejną w swojej karierze adaptację tekstu Pawła Demirskiego - Nieprzytomnie. To przedstawienie oparte na faktach i powstałe na podstawie znalezionej przez Demirskiego w gazecie notki o kobiecie chorej na depresję, która postanowiła popełnić samobójstwo i znalazła ludzi, którzy mieli jej w tym pomóc. Dramaturg przeniósł tę historię w polskie realia. Spektakl w 2007 roku na 9.Przeglądzie Współczesnego Dramatu "Rewizje.pl" w Zielonej Górze odebrał Nagrodę Młodych - "za symbolizm znaczeniowy i postaciowy, dzięki któremu widzimy nasz własny świat". I będzie wesele?j, spektakl prezentowany w części konkursowej Festiwalu Boska Komedia, powstał według autorskiego scenariusza Piotra Waligórskiego w krakowskim Teatrze Bagatela.