Udział PE w procesie decyzyjnym Wspólnot Europejskich ograniczał się początkowo do procedury konsultacji. Wejście w życie Jednolitego Aktu Europejskiego (z 1986 r.) rozszerzyło uprawnienia legislacyjne Parlamentu o procedurę współpracy, a w wyniku przyjęcia Traktatu z Maastricht (w 1992 r.) - o procedurę współdecydowania. Główną procedurą legislacyjną jest teraz ta ostatnia. Stawia ona Parlament Europejski na równi z Radą Unii Europejskiej i zobowiązuje obie te instytucje do wspólnego działania. Przyjęte akty prawne UE są więc wynikiem ich współdziałania, wiele poprawek parlamentu wchodzi do prawa wspólnotowego, a żaden tekst nie może zostać przyjęty bez formalnej zgody PE i Rady UE. Procedura współdecydowania dotyczy legislacji w bardzo wielu dziedzinach, np. swobody przepływu siły roboczej, tworzenia rynku wewnętrznego, badań i rozwoju technologicznego, ochrony środowiska, ochrony konsumentów, edukacji, kultury oraz ochrony zdrowia. Wiele innych wymaga konsultacji z PE, a uzyskanie jego zgody jest konieczne w przypadku ważnych decyzji politycznych i instytucjonalnych. Parlament inicjuje również nowe zapisy unijnego prawa, kontrolując roczny program prac Komisji Europejskiej, rozważając stosowność przyjęcia nowych aktów prawnych i występując do KE o przedkładanie propozycji legislacyjnych. Mimo że procedura współdecydowania obejmuje decyzje dotyczące większości zagadnień, to w niektórych dziedzinach, jak podatki czy dopłaty do produkcji rolnej) rola PE ogranicza się jedynie do wydawania opinii. Sama procedura ustawodawcza w Parlamencie Europejskim jest podobna do procedury stosowanej w innych parlamentach i obejmuje następujące kroki:Komisja Europejska przedkłada PE propozycję legislacyjną odpowiednia komisja parlamentarna wyznacza posła-sprawozdawcę, który przygotowuje projekt raportu na temat propozycji KE. (poszczególni posłowie i inne komisje parlamentarne mogą również być proszeni o opinię) sprawozdawca przedstawia komisji parlamentarnej projekt raportu do dyskusji po rozpatrzeniu ewentualnych poprawek projekt raportu jest przedmiotem głosowania w komisji grupy polityczne oceniają raport z punktu widzenia ich interesów raport trafia na sesję plenarną Parlamentu, a po wprowadzeniu ewentualnych poprawek - następuje głosowanie. Przyjęty w ten sposób dokument wyraża stanowisko Parlamentu w danej sprawie. Procedura ustalenia stanowiska Parlamentu wobec propozycji Komisji może wymagać nawet trzech czytań.