Wkrótce po przylocie do Egiptu Jan Paweł II przywitał prezydenta Hosni Mubaraka oraz zebranych słowami "assalam aleikum" ("pokój z wami"). W przemówieniu papież wezwał do pokoju na Bliskim Wschodzie i potępił przemoc stosowana w imię religii. Pochwalił prezydenta za wysiłki na rzecz wprowadzenia pokoju w regionie. Podczas trzydniowej wizyty papież odwiedzi m.in. Kair i klasztor św. Katarzyny u podnóża Synaju, gdzie - według przekazów biblijnych - Bóg dał Mojżeszowi Dziesięć Przykazań. Papież nie otrzymał jednak od mnichów z Góry Synaj zgody na odprawienie mszy na terenie prawosławnego klasztoru. Z końcem marca Jan Paweł II wybiera się do Jordanii, Izraela i na terytorium Autonomii Palestyńskiej. W liczącym 64 mln mieszkańców Egipcie mieszka 6 mln chrześcijan. Przeważająca część chrześcijan należy do chrześcijańskiego Kościoła koptyjskiego. Koptowie uważani są za potomków starożytnych Egipcjan. Kościół ten powstał już w II w. naszej ery. Z powodu wielowiekowej izolacji od reszty chrześcijaństwa, wyznawcy Kościoła koptyjskiego zachowali szereg tradycji należących jeszcze do Starego Testamentu - jak obrzezanie czy święcenie soboty. Obecnie zwierzchnikiem kościoła koptyjskiego jest Szenuda III. Kongregacje koptyjskie istnieją także poza Egiptem, m.in. w Europie Zachodniej i Ameryce Północnej.