W 2004 roku debiutował Pragmatystami Witkacego, zrealizowanymi jako dyplom Wydziału Aktorskiego PWST w Krakowie. Na własny dyplom reżyserski, którego premiera odbyła się w 2006 roku w Teatrze im. W. Horzycy w Toruniu, Wierzchowski wybrał Medeę Eurypidesa, podejmując dyskusję ze stworzoną przez mit wizją tytułowej bohaterki jako bezwzględnej morderczyni. Reżyser rozpoczął też współpracę z Teatrem Współczesnym w Szczecinie, gdzie pierwszy raz zaprezentował się podczas "Inwazji Barbarzyńców" (prób czytanych nowej dramaturgii polskiej i obcej, organizowanych przez teatr od 2004 roku), reżyserując tekst Heckmannsa Cel: supermarket. Jego kolejnym przedsięwzięciem na deskach Teatru Współczesnego w Szczecinie była inscenizacja Królowej Śniegu H.Ch. Andersena (2007), czytana przez pryzmat mitu o Orfeuszu i Eurydyce opowieść dla dzieci i ich rodziców. Rok później, także na szczecińskiej scenie, powstał bardzo dobrze przyjęty spektakl Idiotki wg własnego scenariusza, powstałego z inspiracji Historią O. Pauline Reage, Dzienniczkiem siostry Marii Faustyny oraz Alkestis Eurypidesa. Przedstawienie, krytycznie opowiadające o kobietach, które dla mężczyzn zrezygnowały z własnej wolności, stało się u Wierzchowskiego rozważaniem o granicach kobiecego i aktorskiego poświęcenia. Z kolei na scenie Teatru im. W. Horzycy w Toruniu Wierzchowski wyreżyserował Justynę markiza de Sade (2008), skupiając się głównie na wolności i związanej z nią samotności. W świecie bez Boga cierpiący człowiek nie ma się już do kogo zwrócić. Wykorzystuje więc perwersję, okrucieństwo i ból jako jedyny sposób na zbliżenie do drugiego człowieka. Także w 2008 roku reżyser został zaproszony do Teatru Studio im. S.I. Witkiewicza w Warszawie. Tym razem sięgnął po współczesne opowiadanie Lubię być zabijana Tibora Fischera i zrobił z niego spektakl o rzadko wykorzystywanej w Polsce formule stand-up comedy, opierającej się na improwizacji i wchodzeniu w interakcję z publicznością. Wierzchowski wziął też udział w przygotowywanych w ramach obchodów 64. Rocznicy wybuchu Powstania Warszawskiego spektaklach multimedialnych młodych reżyserów (2008). W jego przedstawieniu, zatytułowanym Rajza, czyli tułaczki Mirona widzowie przemieszczali się po całym terenie Muzeum Powstania Warszawskiego. Wierzchowski, lubiący podejmować ryzykowne gry z widzami, często występujący nie tylko w roli reżysera, ale też autora adaptacji reżyserowanych przez siebie tekstów, w Teatrze Łaźnia Nowa w Krakowie podjął się realizacji monumentalnego projektu futurystycznej wizji Supernowa. Rekonstrukcja (2009), powstałej według własnego tekstu wizji Nowej Huty oglądanej z perspektywy roku 3209. Spektakl będzie można zobaczyć w części Paradiso Festiwalu Boska Komedia. Ostatnią pracą Marcina Wierzchowskiego jest autorski spektakl Przedostatnie kuszenie Billa Drummonda, zrealizowane w 2009 roku w toruńskim Teatrze im. W. Horzycy. Reżyser łączy w nim elementy teatru, performance'u i koncertu, inspirując się postacią kontrowersyjnego szkockiego muzyka Billa Drummonda, twórcy formacji KLF, który w akcie protestu przeciw komercjalizacji muzyki rockowej spalił milion funtów w gotówce.