Z komunistycznymi władzami współpracowało z różnych względów około 10-15 procent księży i osób świeckich aktywnych w środowiskach kościelnych. Historycy szacują, że 1 na 10 księży mógł być agentem. Głośne sprawy współpracy księży i dzisiejszych hierarchów Kościoła z tajnymi służbami PRL budzą sprzeczne odczucia. Jedni chcą ujawniać nazwiska, inni zdecydowanie się temu sprzeciwiają. Faktem pozostają jednak prasowe publikacje na temat rzekomych tajnych współpracowników w sutannach. We wrześniu prałat ks. Henryk Jankowski ujawnił listę nazwisk agentów z jego otoczenia. Na liście prałata znalazły się nazwiska 37 tajnych współpracowników SB, w tym 9 duchownych, rozpracowujących go podczas akcji "Zorza II" w 1987 r., związanej z pielgrzymką do Polski Jana Pawła II. Wśród wymienionych kapłanów znaleźli się biskup włocławski Wiesław Mering oraz wikariusz generalny kurii gdańskiej ks. Wiesław Lauer. W 2006 roku do uszu opinii publicznej trafiły informacje o inwigilacji Karola Wojtyły. Oskarżenia o agenturalną przeszłość dotknęły m.in. ks. Mieczysława Malińskiego, przyjaciela papieża. Odkrywanie tożsamości TW "Karola" czy sensacyjne domysły na temat kontaktu operacyjnego "Delegat" co jakiś czas elektryzują opinię publiczną. Głośna jest także sprawa ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego, który chce opublikować książkę o związkach księży z bezpieką. Książce miała się sprzeciwiać krakowska Kuria, a wydawnictwo "Znak" chciało, aby książkę przed wydrukowaniem przeczytał i zaaprobował kard. Stanisław Dziwisz. Ostatecznie ustalono, że Kuria nie mówi "nie" ale stawia warunek: odpowiedzialność za treść książki spoczywać będzie tylko na autorze i wydawcy. Zobacz raport specjalny: Agenci w Kościele