Postawił go przed takim wyborem jeszcze przed ostateczną decyzją Kolegium IPN, które ma przedstawić jednego pretendenta do kierowania Instytutem. W odpowiedzi minister Biernacki poinformował, że rezygnuje ze starań o szefowanie w IPN i zapowiedział, że złoży też dymisję ministerialną. Jeśli minister wprowadzi swoje słowa w czyn, rząd i koalicja znajdą się w bardzo trudnej sytuacji: nie dość, że trzecie podejście do wskazania szefa Instytutu znów zakończy się fiaskiem, to na dodatek rząd zostanie bez ministra spraw wewnętrznych. W pierwszych komentarzach politycy nie dziwili się takiemu rozwojowi wypadków. Zdaniem Mirosława Czecha, sekretarza generalnego Unii Wolności, publiczny spór premiera z ministrem, to coś więcej niż tylko poddanie się emocjom. Kandydowaniu Biernackiego premier sprzeciwiał się już wcześniej. Mówił, że nie zamierza pozbywać się tak dobrego ministra. Za kandydaturą szefa resortu spraw wewnętrznych na stanowisko prezesa IPN opowiadał się jednak lider AWS, Marian Krzaklewski, który zdobył nawet dla tej kandydatury poparcie PSL. Jak wiadomo, do wybrania szefa Instytutu potrzeba w Sejmie trzech piątych głosów, a więc również poparcia części opozycji. Nawet jednak przy poparciu ludowców Biernackiemu trudno będzie zyskać potrzebną, sejmową większość, bo tej kandydaturze sprzeciwia się koalicyjna Unia Wolności, która ma własnego kandydata. Lider Unii, Leszek Balcerowicz stanowczo oznajmił, że jego partia nie poprze Biernackiego. Popiera bowiem Bogdana Borusewicza, wiceministra spraw wewnętrznych.