Kilkakrotnie prorosyjska opozycja próbowała przejąć władzę w Groznym. To się jednak nie udało. W sierpniu 1994 roku Rosja ogłosiła stan gotowości bojowej i rozpoczęła koncentrację wojsk na granicy z Czeczenią. 11 grudnia 1994 roku rosyjska armia rozpoczęła atak. Do kwietnia 1995 Rosjanie opanowali większość (około 80 proc.) terytorium republiki. Czeczeni zorganizowali jednak bardzo skuteczną partyzantkę, która świetnie wykorzystała ukształtowanie terenu - góry. Regularnej armii bardzo trudno było tam prowadzić działania z rozproszonymi oddziałami. Po akcji terrorystycznej Szamila Basajewa w szpitalu w mieście Budionowsk, władze na Kremlu zgodziły się na rokowania. W lipcu udało się wynegocjować porozumienie wojskowe. Na jego podstawie obie strony zobowiązywały się do przerwania działań militarnych, rozbrojenia partyzantów czeczeńskich i wycofania się wojsk rosyjskich z republiki. Zobowiązano się też do dalszych rokowań, które miały doprowadzić do politycznego rozwiązania konfliktu. W styczniu zakończono proces wycofywania wojsk rosyjskich z Czeczenii. Mniej więcej w tym samym czasie przeprowadzono wybory w republice pod nadzorem misji OBWE. Prezydentem został Asłan Maschadow. Nowe władze kontynuowały proces umacniania niezależności kraju. Wprowadzono na przykład alfabet arabski i czeczeński stał się jedynym językiem urzędowym. 12 maja 1998 roku prezydenci Czeczenii, Asłan Maschadow, i Rosji, Borys Jelcyn, podpisali w Moskwie porozumienie pokojowe, którego treści nigdy nie ujawniono. Następną wojnę można już było przewidywać. Wybuchła rok później. 8 sierpnia 1999 roku rosyjska armia podjęła największą od czasu zakończenia wojny w Czeczenii operację zbrojną na Północnym Kaukazie. Operacja była wymierzona przeciwko oddziałowi Szamila Basajewa, który opanował kilka wiosek w Dagestanie, bezpośrednio przy granicy z Czeczenią. Odział mudżahedinów, czyli islamskich partyzantów, liczył kilkaset osób. Na jego czele stoją: Szamil Basajew i Emir al-Hattab. Władze rosyjskie skierowały na teren działań około tysiąca milicjantów, batalion wojsk wewnętrznych i zmotoryzowaną brygadę strzelców. To właśnie od Dagestanu zaczęła się druga wojna czeczeńska. Zagorzałym zwolennikiem doprowadzenia do końca walk w Czeczenii był Władimir Putin, który wkrótce po ataku Basajewa na Dagestan został premierem Rosji. Zyskał ogromną popularność, zwłaszcza po bezkompromisowej kampanii przeciwko Czeczenom, których oskarżono o zamachy na budynki mieszkalne w Rosji. Ta sprawa jednak do dziś pozostaje niejasna. Wkrótce Putin został prezydentem. A druga wojna czeczeńska wciąż trwa.