Już jako dwunastolatek otrzymał nagrodę w konkursie dramaturgicznym Teatru Współczesnego we Wrocławiu i miesięcznika "Dialog" za sztukę Słoń zielony (1986). Była to utrzymana w konwencji teatru absurdu historia z życia szkoły, w której pewnego dnia zjawia się tytułowy słoń i wywraca cały porządek do góry nogami. Młodzieńczy utwór ukazał się drukiem w "Dialogu" i został wystawiony w Teatrze im. Witkiewicza w Zakopanem oraz na Festiwalu Młodych Dramaturgów "Interplay" w Australii. Początki kariery reżyserskiej Jana Klaty wiążą się z największymi nazwiskami polskiego teatru. Klata był asystentem Jerzego Grzegorzewskiego (La Bohe`me, Teatr Studio im. S.I. Witkiewicza w Warszawie, 1995), Jerzego Jarockiego (Grzebanie, Stary Teatr w Krakowie, 1996), Krystiana Lupy (Płatonow wiśniowy i oliwkowy, PWST w Krakowie, 1996). Po studiach wykonywał różne prace, nie zawsze związane z teatrem. Był m.in. copywriterem, dziennikarzem muzycznym oraz reżyserem talk-show w TV Puls. Zadebiutował na Wrocławskim Forum Dramaturgii Współczesnej "EuroDrama" własną sztuką Uśmiech grejpruta, pokazaną jako przedstawienie warsztatowe, którą włączono później do repertuaru Teatru Polskiego we Wrocławiu. Była to opowieść o ekipie telewizyjnej, która czeka w Rzymie na śmierć papieża. Autentyczna historia z życia mediów posłużyła do analizy współczesnego nihilizmu. Klata oparł się na własnych doświadczeniach z czasu, kiedy pracował dla katolickiej telewizji Puls. W 2003 roku, w Teatrze im. Szaniawskiego w Wałbrzychu Klata wyreżyserował Rewizora M. Gogola, którego akcję przeniósł w rzeczywistość PRL-u lat 70. Odważna inscenizacja, atakująca polski odpowiednik gogolowskiego świata skorumpowanych urzędników, zebrała świetne recenzje i została zaproszona jesienią tego samego roku na prestiżowy festiwal Dialog do Wrocławia. Kolejne lata przynosiły reżyserowi coraz większą popularność, a także kontrowersje wokół kolejnych premier. W 2004 roku powstały Lochy Watykanu A. Gide'a w Teatrze Współczesnym we Wrocławiu. Spektakl został nagrodzony za reżyserię na III Festiwalu Prapremier w Bydgoszczy. Klata wyreżyserował także H. wg W. Shakespeare'a w Teatrze Wybrzeże w Gdańsku (2004). Przedstawienie podzieliło publiczność i krytyków: jedni zarzucali reżyserowi zbyt dużą dowolność w interpretacji klasycznego tekstu, inni zobaczyli w tym zaletę młodego twórcy. Ostatecznie H. został uznany za najlepszą inscenizację dzieł dramatycznych Shakespeare'a w Polsce w sezonie 2004/2005 (2005, Konkurs Fundacji Theatrum Gedanense). Także w 2004 roku Klata wyreżyserował własną wersję witkacowskiej Janulki, córki Fizdejki, pt. ?córka Fizdejki w Teatrze im. Szaniawskiego w Wałbrzychu, spektakl, który został uhonorowany nagrodą organizatorów dla najlepszego młodego twórcy na 15. Festiwalu Teatralnym "Kontakt" w Toruniu (2005) oraz nagrodą za reżyserię i opracowanie muzyczne na 30. Opolskich Konfrontacjach Teatralnych "Klasyka Polska" (2005). W 2005 roku wyreżyserował Nakręcaną pomarańczę wg A. Burgessa w Teatrze Współczesnym we Wrocławiu. Źródłem kolejnych dyskusji stał się kontrowersyjny spektakl Fanta$y wg J. Słowackiego w Teatrze Wybrzeże w Gdańsku. W grudniu 2005 roku w Warszawie odbył się Klata Fest - przegląd spektakli Jana Klaty, ponownie budząc dyskusje wokół jego nazwiska i twórczości. W 2006 roku miała miejsce premiera Trzech stygmatów Palmera Eldritcha wg powieści Philipa K. Dicka w Narodowym Starym Teatrze im. Heleny Modrzejewskiej w Krakowie. Także w tym roku powstała inscenizacja jego tekstu Weź, przestań na scenie Teatru Rozmaitości w Warszawie. W 2006 roku na scenie Teatru Współczesnego im. E. Wiercińskiego we Wrocławiu powstał bardzo dobrze przyjęty spektakl Transfer!, podejmujący tematykę wypędzeń i przesiedleń, z bohaterami wzorowanymi na autentycznych postaciach (niektóre z nich obecne były na scenie podczas spektaklu). Pozycję Klaty w polskim teatrze umocnił odebrany w 2006 roku Paszport "Polityki" - "za nowatorskie i odważne odczytywanie klasyki, za pasję i upór, z jakim diagnozuje stan polskiej rzeczywistości i bada siłę narodowych mitów". W 2007 roku Klata sięgnął po dramat antyczny. Powstała Oresteja Ajschylosa w Starym Teatrze w Krakowie - dzieło udowadniające żywotność antycznego mitu. W 2007 roku Klata wyreżyserował Triumf Woli - spektakl z okazji 63. rocznicy wybuchu powstania warszawskiego w Muzeum Powstania Warszawskiego. Także w 2007 roku Klata powrócił na scenę Teatru Rozmaitości sztuką Szewcy u bram, uwspółcześnioną wersją Szewców Witkacego, która u Klaty pokryła się z ówczesną polityczną codziennością Polski. W 2008 roku, w Teatrze Polskim we Wrocławiu powstała Sprawa Dantona Stanisławy Przybyszewskiej, spektakl, który zdobył Grand Prix na 33. Opolskich Konfrontacjach Teatralnych "Klasyka Polska" (2008) i zadecydował o przyznaniu Klacie jednej z najważniejszych polskich nagród teatralnych, jaką jest nagroda im. Konrada Swinarskiego, przyznawana przez redakcję miesięcznika "Teatr" - dla najlepszego reżysera sezonu 2007/2008 (2008). Sprawa Dantona przyniosła też Klacie Laur Konrada na 11. Ogólnopolskim Festiwalu Sztuki Reżyserskiej "Interpretacje" w Katowicach. Klata sięgnął także po współczesną twórczość dramaturgiczną i wyreżyserował dobrze przyjęty spektakl Witaj/Żegnaj S. Lori-Parks w Teatrze Polskim im. H. Konieczki w Bydgoszczy (2008). W 2009 roku Klata sięgnął po Szajbę M. Sikorskiej-Miszczuk w Teatrze Polskim we Wrocławiu oraz nie wystawianą dotychczas w całości na scenie Trylogię H. Sienkiewicza. Sceniczna adaptacja wielkiego cyklu powieściowego ma miejsce na scenie Teatru Starego w Krakowie. Obnaża narodowe mity, drwi z wad sarmackich, a jednocześnie mówi wiele o nas samych. Spektakl został zaproszony do części konkursowej festiwalu Boska Komedia w Krakowie.