W 1998 roku objął stanowisko dyrektora artystycznego TR Warszawa (dawniej Teatr Rozmaitości). Od 2006 roku pełni funkcję dyrektora naczelnego i artystycznego tej sceny, od lat cieszącej się ustaloną marką teatru nowoczesnego i poszukującego, jednego z najciekawszych w Polsce. Podczas studiów w PWST Jarzyna był asystentem Krystiana Lupy przy realizacji spektaklu Lunatycy. Esch, czyli anarchia Hermanna Brocha w Starym Teatrze w Krakowie (1995). Rzadko grane dramaty Witkacego: Mister Price i Nowe wyzwolenie stały się podstawą do realizacji głośnego Bzika tropikalnego w warszawskim Teatrze Rozmaitości w 1997 roku. Jarzyna - reżyser i autor opracowania tekstu - stworzył dynamiczny, energetyzujący spektakl, którego współczesna forma okazała się atrakcyjna dla młodej widowni, coraz częściej odwiedzającej Teatr Rozmaitości jako miejsce, w którym mówi się jej językiem, a treść, obrazująca narastanie realnego obłędu, w równej mierze zachwyciła krytyków. Teatralny afisz do Bzika tropikalnego informował, że reżyserem sztuki jest Grzegorz Horst d'Albertis. To początek swoistej gry z widownią i krytykami, którą przez długi czas prowadził reżyser, przy kolejnych realizacjach podpisujący się coraz to nowymi pseudonimami - na oznaczenie kolejnych zmian swojej artystycznej tożsamości. Bzik tryumfował na kolejnych przeglądach i konkursach (m.in. Grand Prix na 21. Opolskich Konfrontacjach Teatralnych, Grand Prix na VII Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym "Imagine" w Satu Mare w Rumunii), potwierdzając artystyczną rangę przedstawienia, które w ciągu kilku tygodni stało się teatralnym hitem Warszawy. Kolejne przedstawienie Jarzyny, tym razem występującego jako Horst Leszczuk, Iwona, księżniczka Burgunda, spektakl groteskowy i kontrowersyjny, zrealizowany także w 1997 roku na scenie Teatru Starego w Krakowie, potwierdził klasę młodego reżysera i ostatecznie udowadniał istnienie jego odrębnego języka teatralnego. W 1998 roku reżyser sięgnął po współczesny dramat Kanadyjczyka Brada Frasera Niezidentyfikowane szczątki ludzkie i prawdziwa natura miłości (Teatr Dramatyczny w Warszawie, 1998, reż. Brokenhorst), opowiadający o zagubieniu człowieka w konsumpcyjnym społeczeństwie, w którym powoli zanikają wszelkie najważniejsze więzi. Za rok 1998 reżyser odebrał prestiżowy paszport "Polityki" - "za odwagę i inwencję w poszukiwaniu nowych środków wyrazu w teatrze, za błyskotliwe przedstawienia, z których każde staje się głośnym wydarzeniem artystycznym". Kolejne lata przyniosły wzrost zainteresowania reżysera inscenizacjami tekstów klasycznych, które poddaje śmiałej reinterpretacji. Tak było z Fredrowskim Magnetyzmem serca (Teatr Rozmaitości, Warszawa 1999). Spektakl z lekką ironią ukazywał "naturę miłości" podlegającą nowym formom i konwencjom. Przedstawienie stało się podróżą w czasie - I akt rozgrywał się w realiach XIX wieku, stopniowo zamienianych na coraz bardziej współczesne, by wreszcie w ostatnich scenach inscenizacja całkowicie przybrała kostium teraźniejszości. Za kolejnymi inscenizacjami idą kolejne nagrody. W roku 1999 reżyser odbiera w Warszawie Nagrodę im. Konrada Swinarskiego (przyznawaną przez miesięcznik "Teatr") za reżyserię Iwony, księżniczki Burgunda w Starym Teatrze w Krakowie i Niezidentyfikowanych szczątków? w Teatrze Dramatycznym w Warszawie, w Katowicach na 2. Ogólnopolskim Festiwalu Sztuki Reżyserskiej "Laur Konrada" za reżyserię Iwony? i Historii w Teatrze TVP, a w rok później - w Opolu na 25. Opolskich Konfrontacjach Teatralnych Nagrodę Główną za twórcze poszukiwania w dziedzinie inscenizacji klasyki polskiej w przedstawieniach Iwona, księżniczka Burgunda i Magnetyzm serca, w Łodzi na VI Ogólnopolskim Festiwalu Sztuk Przyjemnych zwycięstwo w plebiscycie publiczności za Magnetyzm serca oraz w Toruniu, na Międzynarodowym Festiwalu Teatralnym "Kontakt" - I nagrodę jury dla spektaklu Magnetyzm serca oraz nagrodę dla najlepszego reżysera festiwalu. Nagradzany na najważniejszych polskich festiwalach teatralnych reżyser zdecydował się na adaptacje wielkich powieści europejskich, co zaowocowało powstaniem spektakli Doktor Faustus wg Tomasza Manna w Teatrze Polskim we Wrocławiu przy współudziale Hebbel-Theater w Berlinie (1999) oraz Książę Myszkin wg Idioty Fiodora Dostojewskiego w warszawskich Rozmaitościach (2000). Spektakle te, podobnie jak powstałe w kolejnych latach Uroczystość Vinterberga oraz 4.48 Psychosis Kane, ugruntowały mocną pozycję Grzegorza Jarzyny na polskiej scenie teatralnej. Kolejne przedstawienia Jarzyny powstały w ramach stworzonego przez niego projektu Teren Warszawa. Zaproszeni do współpracy młodzi dramatopisarze, aktorzy i reżyserzy poszukiwali nowych przestrzeni teatralnych i nowych środków teatralnego wyrazu. Sam Jarzyna wyreżyserował wtedy Zaryzykuj wszystko Walkera, spektakl grany na Dworcu Centralnym w Warszawie (2003) oraz Bash LaBute'a, grany z kolei w starej drukarni. Po teatralnej adaptacji Makbeta Shakespeare'a (2007: Macbeth) reżyser zwrócił się w stronę teatru operowego, z powodzeniem wystawiając Cosi` fan tutte Mozarta w Teatrze Wielkim w Poznaniu, Gracza Prokofiewa w Opéra de Lyon czy własną wersję Don Giovanniego Mozarta (Giovanni) wystawioną w TR Warszawa. Międzynarodową reputację Jarzyny ustaliły zaproszenia jego spektakli na liczne festiwale i występy gościnne w Europie i na świecie, m.in. w Avignionie, Edynburgu, Moskwie, St. Petersburgu, Jerozolimie, Berlinie, Monachium, Wiedniu, Sztokholmie, Londynie, Dublinie, Toronto i Los Angeles. Sam reżyser jest coraz częściej zapraszany do pracy za granicą. W wiedeńskim Burgtheater zrealizował spektakle Lew w zimie Goldmana (2007) oraz mede:a (2008) - za ten ostatni odebrał jedną z najbardziej prestiżowych nagród teatralnych obszaru niemieckojęzycznego - Nestroy-Preis. Uhonorowany został wieloma prestiżowymi nagrodami, m.in. nagrodą Ministra Spraw Zagranicznych za wybitne zasługi dla Polski na świecie (2002) oraz Złotym Orderem z okazji 300-lecia St. Petersburga (2004). Jego ostatnie spektakle to T.E.O.R.E.M.A.T. na podstawie twórczości Piera Paolo Pasoliniego (premiera w lutym 2009) oraz Między nami dobrze jest Doroty Masłowskiej, którego premiera odbyła się w Schaubühne am Lehniner Platz w Berlinie (marzec 2009). Za ich reżyserię Jarzyna odebrał w 2009 roku po raz drugi nagrodę im. Konrada Swinarskiego dla najlepszego reżysera. Oba zostaną zaprezentowane w części konkursowej Festiwalu Boska Komedia.