Śledztwo w sprawie "afery bakszyszowej", czyli korupcji i malwersacji finansowych żołnierzy i pracowników stacjonujących w Iraku, rozpoczęło się w 2005 roku. Dotychczas aktem oskarżenia objęto szefa grupy CIMIC podczas III zmiany Polskiego Kontyngentu Wojskowego w Iraku, trzynastu cywili i mniej znaczących wojskowych grupy CIMIC - jednostki koordynującej współpracę cywilno wojskową i projekty odbudowy Iraku. "Newsweek" dotarł do korespondencji między Żandarmerią a prokuraturą wojskową. Wynika z niej, że afera bakszyszowa ma o wiele szerszy zasięg. Od marca 2006 roku do marca tego roku prowadzący śledztwo w sprawie irackich malwersacji żandarmi wielokrotnie wnioskowali o postawienie zarzutów oficerom WSI i dowódcom polskich kontyngentów. Są to dowódcy Wielonarodowej Dywizji Sił Stabilizacyjnych w Iraku generał Mieczysław Bieniek, obecnie doradca ministra obrony Afganistanu i generał Andrzej Ekiert, do niedawna zastępca dowódcy Wojsk Lądowych. Żandarmeria domagała się także zarzutów dla obecnego dowódcy GROM-u płk Piotra Patalonga, podczas II zmiany PKW szefa Batalionowej Grupy Bojowej czy ppłk WSI Grzegorza Błaszczyka, szefa oddziału Narodowej Komórki Wywiadowczej podczas III zmiany w Iraku i całej serii niższych rangą oficerów. Z dowodów zebranych przez żandarmów i przedstawianych prokuraturze wynika, że system malwersacji finansowych zbudowała nie oskarżona czternastka lecz oficerowie WSI wykorzystujący fundusze CIMIC (amerykańskie miliardy dolarów, przeznaczone na odbudowę Iraku) na swoje tajne operacje, a odbywało się to za wiedzą, zgodą, a czasem przy udziale najwyższych dowódców wojskowych. Wśród zarzutów wobec generałów i pułkowników są: brak nadzoru, poświadczanie nieprawdy, preparowanie dokumentacji finansowej, przekraczanie uprawnień i działanie na szkodę interesu publicznego. Postawienie zarzutów najwyższym dowódcom wywołałoby skandal międzynarodowy, bowiem fundusze zarządzane przez CIMIC, pochodziły w kieszeni amerykańskiego podatnika. Według ustaleń "Newsweeka" prokuratorzy naciskali, by wymienionych oficerów przesłuchiwać nie jako podejrzanych, lecz świadków, a wątki udziału w malwersacjach oficerów WSI prokuratura wyłączyła wbrew protestom żandarmów do osobnych, do dziś ślimaczących się postępowań.