Chodzi o dokończenie prac nad programami IACS i SAPARD, kluczowymi dla przygotowań polskiego rolnictwa do integracji z Unią Europejską. Bentkowski zapewnia, że nie trzeba się obawiać o przyszłość obu programów. Jego zdaniem kierownictwo agencji przejmuje po nim człowiek wtajemniczony - jego dotychczasowy zastępca, Jacek Świeżawski. Bentkowski wsławił się m.in. obsadzeniem swoimi ludźmi kluczowych stanowisk w agencji. W ubiegłym roku wyszło na jaw, że Bentkowski zwolnił prawie wszystkich dyrektorów oddziałów regionalnych agencji i na ich miejsce zatrudnił osoby, często o niejasnej przeszłości zawodowej, ale za to związane z PSL lub z SLD. Pracę dostały osoby często nie mające pojęcia o rolnictwie. Wyjaśnień w tej sprawie zażądała nawet Komisja Europejska.