Doświadczenia coraz częściej wskazują, że środki dezynfekujące mogą sprawić, iż bakterie staną się odporne na niektóre leki. Może to nawet dotyczyć antybiotyków, na których działanie bakterie nie były uprzednio wystawione. W dzienniku Microbiology, naukowcy z Irlandii wskazują, że niektóre bakterie zaadaptowały się do tego stopnia, że "wypompowują" ze swych komórek różne substancje mające zabijać mikroby. Nawet antybiotyki. U "zaadoptowanych" bakterii zaobserwowano mutację DNA, która czyni je odpornymi na niektóre typy antybiotyków. Autor studium dr Gerard Fleming podkreśla, że najbardziej niepokojące jest to, że "bakterie wydają się być zdolne do adaptacji, która uodparnia je na antybiotyki", nawet takie, jakie nie były wcześniej wobec nich stosowane.