Jan Wejchert zmarł niespodziewanie po ciężkiej i krótkiej chorobie. Przyczyną śmierci była silna infekcja bakteryjna i niewydolność serca. Od 1993 roku zmagał się również z białaczką. Był również współwłaścicielem grupy Onet, platformy satelitarnej n, Multikina i Legii Warszawa.