Uroczystości pogrzebowe Jana Machulskiego rozpoczęły się w południe. Jak ogłoszono podczas mszy świętej, prezydent Lech Kaczyński odznaczył pośmiertnie Jana Machulskiego Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. Przed głównym ołtarzem została wystawiona urna, obok której umieszczono zdjęcie aktora, uzyskane odznaczenia państwowe i wieńce, m.in. od prezydenta Lecha Kaczyńskiego, prezydent m.st. Warszawy Hanny Gronkiewicz-Waltz, ministra kultury Bogdana Zdrojewskiego oraz od Polskiego Instytutu Sztuki Filmowej i studentów łódzkiej "Filmówki", którzy tłumnie przybyli do kościoła. W mszy św. odprawianej pod przewodnictwem ks. Aleksandra Seniuka uczestniczyła rodzina i bliscy zmarłego m.in. żona Halina, syn Juliusz Machulski, przyjaciele oraz przedstawiciele środowisk artystycznych Warszawy i całego kraju, m.in. minister kultury Bogdan Zdrojewski, szefowa PISF-u Agnieszka Odorowicz, Krzysztof Krauze, Jacek Bromski, Marian Kociniak, Ignacy Gogolewski, Barbara Krafftówna, Piotr Adamczyk, Teresa Budzisz-Krzyżanowska, Wojciech Malajkat. Ks. Aleksander Seniuk powiedział, że Jan Machulski był "legendą polskiego kina". Ale też podkreślił, że pomimo wielu sukcesów zawodowych, Machulski za swój największy sukces uważał stworzenie kochającej się rodziny. - Jego syn Juliusz mówi często: "nie mogłem wyobrazić sobie lepszego ojca" - podkreślił ks. Seniuk. - Nie zdążyliśmy się nawet z Janem Machulskim pożegnać, bo odszedł tak nagle(...), jesteśmy zaskoczeni i zasmuceni - mówił minister kultury Bogdan Zdrojewski. Minister dziękował synowi Jana Machulskiego - Juliuszowi. - Dziękuję mu za to, że potrafił się tak pięknie podzielić z nami ojcem - powiedział Zdrojewski. - Żegnamy osobę, która była wzorem bezinteresownej obecności w sztuce. To rzadkie, wyjątkowe, nadzwyczajne i jestem przekonany, że na naszej drodze nie spotkamy już podobnego do niego człowieka - zaakcentował. Minister dodał, że smutek po śmierci Jana Machulskiego jest "ogromny, ale jesteśmy też przekonani, że pozostało wielu uczniów Machulskiego i wielu przyjaciół, wyznających te wzorce, które był dla niego ważne". Machulskiego żegnał także prezes Stowarzyszenia Filmowców Polskich Jacek Bromski. "Rozstajemy się z wybitnie utalentowanym aktorem i reżyserem, wychowawcą (...), ale też z jednym z najsympatyczniejszych, najzacniejszych i najlepszych z naszego środowiska filmowego, żegnamy naszego przyjaciela i mistrza" - mówił Bromski. - Zawsze był dla nas pełen przyjaźni, humoru i dobrej energii, lubił pracować z młodymi filmowcami, do końca swego zawodowego życia (...); dobrze wiedział że oddaje nam do dyspozycji nie tylko swoje aktorstwo ale także, że czegoś nas uczy - skromności, zawodowstwa, szacunku dla pracy - podkreślił prezes SFP. W ostatnim pożegnaniu Machulskiemu towarzyszyła muzyka - dwóch jazzowych muzyków zagrało po zakończeniu mszy świętej "Blues na kwintę" (na trąbkę i kontrabas). Po mszy dalszy ciąg uroczystości pogrzebowych odbył się na Cmentarzu Komunalnym na Powązkach. Jan Machulski zmarł 20 listopada w Warszawie w wieku 80 lat.