Kowalczyk był już trenerem Wisły w latach 2003 i 2004 i zdobył z zespołem srebrny i złoty medal mistrzostw Polski. Nowy trener podpisał kontrakt do końca czerwca 2009 roku, z możliwością przedłużenia na następny sezon, jeśli zespół zdobędzie tytuł mistrza Polski i awansuje do fazy pucharowej Ligi Mistrzów.