Aby ubiegać się o stypendium, kandydat musi przedstawić dokumenty poświadczające jego osiągnięcia w nauce, status materialny jego rodziny oraz warunki rodzinne i zdrowotne. W myśl uchwały rady miasta, może też dołączyć dokumenty stanowiące potwierdzenie jego "działalności naukowej, artystycznej, sportowej i społecznej". Na stronie internetowej Centrum lista nieobowiązkowych dokumentów została jednak rozszerzona o potwierdzające "udział w projektach związanych z osobą lub dziełem Jana Pawła II". Kierownik działu stypendialnego Centrum Łukasz Ofiara pytany, dlaczego wśród kryteriów oceny wniosku o przyznanie stypendium znalazł się udział w projektach związanych z papieżem powiedział, że jest to związane z promocją myśli i nauczania patrona stypendium. Zaznaczył przy tym, że komisja stypendialna kieruje się pełnymi kryteriami, które są zawarte w uchwale i regulaminie stypendialnym. W uchwale rady miasta zapisano, że stypendium m.st. Warszawy im. Jana Pawła II jest skierowane do uczniów, którzy "mimo trudnych warunków materialnych, rodzinnych lub zdrowotnych osiągają dobre wyniki w nauce", jednak to nie status majątkowy ani średnia ocen są najwyżej punktowane. Według informacji zawartej na stronie Centrum, za wysoką średnią ocen można zdobyć maksymalnie 30 punktów, a za status majątkowy - kolejne 12. Najwięcej - nawet 40 punktów - można otrzymać za poświadczone w nieobowiązkowych dokumentach pozaszkolne zaangażowanie, do którego Centrum zaliczyło udział w projektach związanych z papieżem Polakiem. Zasiadająca w komisji radna Paulina Piechna-Więckiewicz (Lewica) oceniła, że taka informacja nie powinna była znaleźć się na stronach internetowych Centrum, bo takiego kryterium nie ma w uchwale rady miasta. Podkreśliła jednak, że to komisja zawsze ma ostateczny głos w kwestii przyznania stypendium i ma stały dostęp do wszystkich, także odrzuconych w procesie rekrutacji wniosków. Jej zastrzeżenia wzbudził również sposób formalnej oceny wniosków. - Te stypendia są bardzo potrzebne, a kryteria oceny wniosków odpowiednie. Ich punktacja nie jest jednak do końca adekwatna i należałoby zastanowić się nad jej zmianą. Zaangażowanie społeczne jest ważne, ale dodatkowa działalność nie powinna być najwyżej oceniana - powiedziała. Zapowiedziała, że złoży w tej sprawie interpelację. Zastrzeżeń radnej Lewicy nie podziela radna Mariola Rabczon (PO), także zasiadająca w komisji. - Jeśli ktoś dodatkowo się angażuje, powinno być to brane pod uwagę i mieć wpływ na ocenę wniosku. Takiej osobie można to przypisać tylko na plus - powiedziała. Zdaniem wiceprezesa Polskiego Towarzystwa Prawa Antydyskryminacyjnego Krzysztofa Śmiszka, wzmianka o możliwości przesłania dokumentów świadczących o zaangażowaniu kandydatów w działania związane z Janem Pawłem II to jednak pośrednia dyskryminacja (definiowana jako występująca, gdy pozornie neutralne kryteria lub praktyki są stosowane na równi wobec wszystkich, lecz w szczególny sposób dotykają konkretną grupę społeczną). Zaznaczył, że bez znaczenia jest to, że to dobrowolny wymóg. - Za te dodatkowe działania można dostać bardzo dużo punktów i to jest pośrednia dyskryminacja, gdyż dostęp do takich aktywności z oczywistych powodów mają jedynie katolicy - powiedział. - Nie byłoby problemu, gdyby takie stypendia były przyznawane przez prywatną organizację lub Kościół. Biorąc jednak pod uwagę, że środki w całości lub w dużej części pochodzą ze źródeł publicznych, żadne tego typu wzmianki nie mogą się pojawiać - ocenił. Jego zdaniem miasto winno dokładniej przyjrzeć się praktykom Centrum i zbadać, czy nie dochodzi tam do dyskryminacji na tle wyznania lub religii. Stypendysta ma obowiązek dbać swoim zachowaniem o godne reprezentowanie imienia Jana Pawła II i Warszawy oraz brać udział w warsztatach i zjazdach przewidzianych planem stypendium. W tym roku są wśród nich m.in. skierowana do uczniów szkół podstawowych "Papolandia" - cykl warsztatów poświęconych papieskiemu nauczaniu o człowieku i jego roli w społeczeństwie oraz "Laboratorium głębi". Uczestniczący w drugim projekcie studenci "rozwijają swoją głębię patrzenia na siebie i drugiego człowieka, analizują przygotowane teksty papieskie i próbują przełożyć na życie". Jak zapewnił Ofiara, projekty te nie są projektami wyznaniowymi. - Stypendium jest samorządowe, a nie wyznaniowe. Wśród naszych stypendystów mamy mnóstwo osób niezwiązanych z Kościołem. Projekty takie jak "Papolandia" promują osobę Ojca Świętego i nauczanie, które siłą rzeczy jest związane z nauką Kościoła katolickiego, ale odnosimy się w nich do rzeczy, które są uniwersalne, a nie stricte katolickie. Może wziąć w nich udział każdy stypendysta i tak się dzieje". Około 40 proc. stypendystów udziału w tych projektach jednak nie bierze. Jak powiedział Ofiara, przy rozpatrywaniu wniosku o przedłużenie stypendium brane jest to pod uwagę jako brak wypełnienia obowiązku zaangażowania się w program stypendialny, ale zapewnił, że Centrum jest pod tym względem elastyczne. Osoba nieuczestnicząca w projektach może napisać to w swoim raporcie i udokumentować inną działalność, np. udział w wolontariacie lub osiągnięcia naukowe. W tym roku stypendia im. Jana Pawła II ma otrzymać 640 osób. Ich miesięczna wysokość dla uczniów szkół podstawowych i gimnazjów wynosi od 200˙do 400 zł, dla uczniów szkół ponadgimnazjalnych - od 300˙do 500˙zł, a dla studentów - od 500˙do 1500˙zł. Spośród finansowanych wyłącznie z miejskiej kasy stypendiów dla uczniów osiągających dobre wyniki w nauce, te im. Jana Pawła II pochłaniają najwięcej środków. W ubiegłym roku na 693 stypendia wydano z budżetu miasta 3,4 mln zł. Także w tym roku będzie to ponad 3 mln zł. Na stypendia wypłacane z budżetów dzielnic zapisano 1,6 mln zł. Gimnazjaliści i uczniowie szkół ponadgimnazjalnych mogą ubiegać się także o stypendia edukacyjne prezydenta miasta, przyznawane za wybitne osiągnięcia w nauce. Dostają je m.in. laureaci konkursów i olimpiad przedmiotowych. Na nie miasto przeznaczyło 260 tys. zł. Centrum Myśli Jana Pawła II jest instytucją kultury powołaną i nadzorowaną przez stołeczny samorząd - tak jak miejskie teatry czy muzea. Podlega biuru kultury urzędu miasta, które z kolei bezpośrednio nadzoruje prezydent miasta Hanna Gronkiewicz-Waltz. Na pytanie o ocenę praktyk stosowanych przez Centrum, stołeczny ratusz nie odpowiedział. Wydział prasowy polecił kierować je do samego Centrum.