Tolerancja religijna miała w I Rzeczypospolitej długie tradycje. Już Kazimierz Wielki w 1356 roku zatwierdził zwyczaje, wolności i przywileje w dziedzinie kultu i spraw administracyjnych dla monofizyckich Ormian. W dokumencie z 1341 roku zagwarantował wyznawcom Kościoła prawosławnego poszanowanie ich obrządku i obyczajów. Dzięki temu Polska stała się pierwszym wielowyznaniowym państwem w Europie, gdzie dwór królewski był katolicki. Tolerancja dla innych wyznań nie obejmowała jednak odstępstw od kościoła katolickiego. Edykt wieluński Władysława Jagiełły z roku 1424, uznał husytyzm za przestępstwo przeciwko państwu. Równocześnie szlachta prawosławna cieszyła się takimi samymi przywilejami jak katolicka, podobnie jak Ormianie. Pewne ograniczenie w zakresie dostępu prawosławnych do najwyższych urzędów w Wielkim Księstwie Litewskim zniósł Zygmunt August w latach 1563 i 1568. Tolerancją cieszyli się w Polsce także Tatarzy, Żydzi oraz Karaimi pochodzenia tureckiego. W pierwszych latach reformacji wydano edykty królewskie przeciwko protestantom, ale nie przestrzegano ich zbyt restrykcyjnie. Zygmunt Stary uznał w 1525 roku nie tylko sekularyzację Prus Książęcych, ale jako pierwszy panujący zaakceptował luteranizm w Prusach jako religię oficjalną, przy zagwarantowaniu praw katolików. Tolerancję otrzymali również anabaptyści (przybyli do Polski w 1535 roku), a także menonici (w Polsce od roku 1526). W latach 1557-1559 Zygmunt August zagwarantował miastom pruskim swobodę wyznania augsburskiego, a w układzie wileńskim z 1561 roku ten sam przywilej otrzymały Inflanty, w których zagwarantowano szlachcie i mieszczaństwu wolność wyznania luterańskiego, przy poszanowaniu praw katolików. Po zawarciu zgody sandomierskiej (1570) protestanci przedstawili sejmowi projekt konstytucji gwarantujący im wolność wyznania na równi z katolikami i prawosławnymi. Projekt jednak wówczas nie przeszedł. W 1572 roku po śmierci ostatniego z Jagiellonów, Zygmunta Augusta i w obliczu nowej elekcji obóz protestancki znalazł się bez gwarancji prawnych dla swego wyznania. Stąd na sejmie konwokacyjnym (poprzedzającym elekcję) w Warszawie, 28 stycznia 1573 roku, na ich żądanie komisja sejmowa pod przewodnictwem biskupa Stanisława Karnkowskiego opracowała akt konfederacji warszawskiej. Akt gwarantował: bezwarunkowy i wieczysty pokój między wszystkimi wyznaniami; szlachcie, mieszczanom królewskim i innym ludziom wolnym przyznawał pełne równouprawnienie, ochronę państwa i ochronę osobistą niezależnie od wyznania w prawie publicznym i prywatnym. Akt został przyjęty przez sejm większością głosów. Odrzucił go prymas Uchański i biskupi, a także szlachta mazurska. Podpisał go tylko biskup krakowski Franciszek Krasiński. Uprawomocnienie zasad tolerancji było dużym osiągnięciem. Artykuły konfederacji wciągnięto do statutów, które miał zaprzysięgać każdy nowo obrany król ("artykuły henrykowskie"). Forma przysięgi królewskiej brzmiała: "Przysięgam, że będę bronił i przestrzegał pokoju wśród dysydentów i w żadnym wypadku nie dopuszczę, by z powodu religii ktokolwiek był uciskany zarówno przez urzędników państwowych, jak i przez nas". Mimo pewnej ogólnikowości konfederacja warszawska stworzyła prawne zabezpieczenie dla protestantyzmu polskiego i była pierwszym w Europie aktem szerokiej tolerancji. Jest uznawana za początek gwarantowanej prawnie wolności religijnej. Konfederacja warszawska sprawiła, że XVI-wieczna Polska zyskała w Europie miano "azylu heretyków", a u dzisiejszych badaczy "państwa bez stosów". W kraju znajdowali schronienie wyznawcy sekt protestanckich, uciekający przed wyrokami katolickich sądów duchownych i trybunałów inkwizycyjnych, a także ludzie nienależący do żadnego wyznania i nieuznający żadnej organizacji kościelnej. Pozawyznaniowa działalność obcych przybyszów, m.in. jako wykładowców czy pisarzy, w znacznym stopniu przyczyniła się do rozwoju kultury polskiego Odrodzenia. W 2003 roku tekst konfederacji warszawskiej został wpisany na Listę Światową Programu UNESCO "Pamięć Świata".