Byłemu rektorowi Tadeuszowi G. oraz byłej kierownik studiów podyplomowych Beacie S. prokuratura postawiła 52 zarzuty poświadczania nieprawdy w świadectwach ukończenia studiów podyplomowych na kierunkach pedagogicznych. Sprawa dotyczy okresu od stycznia do października 2007 roku, kiedy uczelnia nie miała prawa prowadzić studiów na kierunku pedagogicznym. Jak podkreśla prokuratura, w toku postępowania zabezpieczono dokumentację, przesłuchano jako świadków byłych i obecnych pracowników szkoły oraz studentów, zwrócono się też do ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego o przeprowadzenie kontroli w szkole. Otrzymany w marcu protokół pokontrolny był jedną z podstaw sformułowania zarzutów. Oboje podejrzani nie przyznali się do winy i zadeklarowali złożenie wyjaśnień w późniejszym terminie. Na podstawie protokołu uczelnia wznowiła również postępowanie w stosunku do studentów i słuchaczy studiów podyplomowych - obecnie mają już oni nowe dokumenty. W październiku 2007 roku - po uzupełnieniu wcześniejszego wniosku przez szkołę - Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego - nadał Wyższej Szkole Przedsiębiorczości i Marketingu w Chrzanowie uprawnienie do prowadzenia studiów pierwszego stopnia na kierunku pedagogika.