Problem pojawiły się ponownie już w 2000 roku, kiedy orzekał najpierw w wydziale karnym, a potem rejestrowym wspomnianego sądu. W efekcie wytoczono mu kilka postępowań dyscyplinarnych. Sędziemu Szafrańskiemu udowodniono m. in. rażące, nawet powyżej 2 lat, uchybienia 7-dniowemu terminowi sporządzania uzasadnień do wyroków karnych i wielomiesięczne opóźnienia w podejmowaniu czynności, albo ich całkowitego zaniechania, w ponad 30 sprawach rejestrowych. Bronił się, twierdząc m. in. że zaniedbania powstały w wyniku nadmiaru obowiązków, jakimi go obciążono i mobbingu, jaki stosowali wobec niego przełożeni - informuje "Gazeta Krakowska". Te argumenty podtrzymuje do dziś, choć nie potwierdziły ich drobiazgowe postępowania prowadzone przeciwko niemu przez sąd dyscyplinarny w krakowskim Sądzie Apelacyjnym. Zakończyły się one ukaraniem sędziego Szafrańskiego upomnieniem, naganą i wreszcie przeniesieniem na inne miejsce służbowe, czyli najwyższą karą, oprócz wydalenia ze służby, jaką można sędziego ukarać dyscyplinarnie. Do tych rozstrzygnięć przychylił się Sąd Najwyższy. W efekcie najdotkliwszej kary w końcu 2004 roku minister sprawiedliwości przeniósł sędziego Szafrańskiego do sądu rejonowego w Łódzkiem. 31 grudnia 2004 r. jednak T. Szafrański zrzekł się zawodu sędziego. W 2005 roku nawiązał kontakt z obecnym wiceministrem sprawiedliwości Andrzejem Kryże i wspólpracował z nim społecznie przy przygotowywaniu reformy sądownictwa. W efekcie A. Kryże zaproponował zatrudnienie b. sędziego w zespole zajmujacym się tymi zagadnieniami. 20 lutego 2006 r. Prokurator Generalny mianował T. Szafrańskiego prokuratorem prokuratury rejonowej w Bochni. Ministerstwo znało akta postępowań dyscyplinarnych i wzięło je pod uwagę, ale ich okoliczności miały uzasadniać przypuszczenie, że "... ich powodem były względy merytoryczne, a nawet że stanowiły one przejawy mobbingu". O powołaniu T. Szafrańskiego na sekretarza komisji miała według informacji z Ministerstwa Sprawiedlwiości zdecydować jego wiedza prawnicza, doświadczenie w pracy sędziego oraz udział w pracach legislacyjnych - czytamy w "Gazecie Krakowskiej". Tomasz Szafrański jeszcze jako sędzia skazał m. in. krakowską policjantkę i żonę dziennikarza tygodnika "Nie", która publikowała drastyczne zdjęcia z akt policyjnych w miesięczniku "Zły" należącym do żony Jerzego Urbana. W tę sprawę bardzo mocno angażował się Zbigniew Ziobro i uchodzi ona do dziś za jedną z dźwigni kariery ministra. W ostatnich miesiącach Tomasz Szafrański często występuje w mediach jako prokurator i sekretarz Komisji Kodyfikacyjnej Prawa Karnego. O Komisji było niedawno głośno, kiedy prasa ujawniła kontakty jej wiceprzewodniczącego, prof. Władysława Mąciora z SB.