Dyrektor muzeum ksiądz Paweł Danek informował, że o kontrakt zabiegało pięć firm. Zwycięzca realizował już pierwszy etap budowy placówki, zakończony w 2010 roku. Obejmował on między innymi pogłębienie piwnic i wzmocnienie fundamentów domu rodzinnego Karola Wojtyły. Szef muzeum wyjaśnił, że firma, która wygrała przetarg, będzie miała za zadanie dokończyć renowację budynku, przede wszystkim przeprowadzić prace w środku, podnieść dach i wykonać patio oraz elewację. Samo mieszkanie Wojtyłów nie zostanie zmienione w najmniejszym stopniu. Wszystko musi być gotowe do końca 2011 roku, by w kolejnym roku można było instalować wystawę. Otwarcie muzeum planowane jest na koniec 2012 roku. Wartość prac w drugim etapie wynosi około 13 milionów złotych. Przebudowa Muzeum jest współfinansowana przez ministerstwo kultury, województwo małopolskie oraz z fundusze UE. Całość przebudowy łącznie z instalacją nowej ekspozycji kosztować ma około 20 milionów złotych. Muzeum będzie się mieściło w kamienicy, w której mieszkali Wojtyłowie. W 1920 roku urodził się tam Karol Wojtyła. W 1984 roku w budynku istnieje muzeum papieża, które należy do archidiecezji krakowskiej. To najdłużej w świecie działająca placówka muzealna poświęcona polskiemu papieżowi. Dotychczasowa ekspozycja powiększy się czterokrotnie - do ponad 1 tysiąca metrów kwadratowych, na czterech kondygnacjach. Znajdą się w niej elementy oryginalnego wyposażenia, osobiste rzeczy Jana Pawła II oraz rękopisy. Ekspozycja będzie opowieścią o człowieku - od jego urodzenia do śmierci. Przebudowa całego obiektu prowadzona jest według koncepcji ekspozycyjnej Pracowni Kłaput Project oraz projektu budowlanego Biura Projektów Lewicki - Łatak. Mieszkaniu Wojtyłów przywrócony zostanie wygląd z lat 20. ubiegłego wieku, który oddaje klimat domu rodzinnego. Zrekonstruowana zostanie także elewacja kamienicy do postaci z przełomu XIX i XX wieku. Na czas przebudowy dla zwiedzających i pielgrzymów została przygotowana wystawa zamienna w sali przy wadowickiej parafii Ofiarowania NMP. Jest to kopia mieszkania Wojtyłów w skali 1:1, a także scenografia przedstawienia "Antygony" na historycznej scenie, na której występował Karol Wojtyła.