Do tej pory prokuratura postawiła byłemu urzędnikowi 44 zarzuty, w tym uzyskanie ponad 800 tys. zł korzyści majątkowej od Budostalu 5 w postaci wyremontowania domu. Jan T. jest podejrzany także o przekroczenie uprawnień, mobbing i molestowanie seksualne. Według prokuratury jako dyrektor złośliwe naruszał on prawa pracownicze, m.in. odmawiał udzielenia urlopu, nie rozliczał nadgodzin, zmuszał podwładnych do pracy po godzinach czy w dni wolne oraz naruszał ich godność osobistą. Inne zarzuty dotyczą "popełnienia czynów nieobyczajnych" - przez doprowadzenie i usiłowanie doprowadzenia do poddania się pokrzywdzonych "innej czynności seksualnej" oraz zmuszanie pokrzywdzonej do nawiązania z nim kontaktów seksualnych. Ponadto, Jan T. miał dwukrotnie przebywać w ośrodku spa na koszt firmy remontującej siedzibę ZDiK w latach 2006-2007 i przyjąć zegarek o wartości ponad 1,8 tys. zł w zamian za przyjęcie do pracy osoby bez wymaganego konkursu. Jan T. przebywał w areszcie od 6 marca. Na początku lipca odzyskał wolność po wpłaceniu 200 tys. zł poręczenia majątkowego, ale po miesiącu, na skutek zażalenia prokuratury, musiał wrócić do aresztu. T. nie przyznaje się do zarzucanych mu czynów, za które grozi mu kara do 12 lat więzienia. Prokuratura określa śledztwo mianem rozwojowego i już kilka razy rozszerzała zarzuty podejrzanym w tej sprawie. Jan T. był najbardziej krytykowanym krakowskim urzędnikiem. Lokalne media nadały mu miano "niezatapialnego". Po aresztowaniu urzędnika prezydent Krakowa zawiesił go w wykonywaniu funkcji dyrektora. Na początku czerwca Janowi T. wygasła umowa o pracę.