Według uczestniczącej w uroczystości minister nauki i szkolnictwa wyższego Barbary Kudryckiej, "w dzisiejszych czasach to właśnie takie uniwersytety jak Uniwersytet Jagielloński muszą być tymi, które oświetlają i wskazują drogę tym wszystkim uczelniom, które swej liczebności nie potrafiły przekuć w jakość". - Gdzie mamy szukać drogowskazów wśród 450 uczelni? Mieliśmy ten wielki boom otwierając kolejne uczelnie, otwierając nowe kierunki studiów, ale jakoś nie zbudowaliśmy potężnej elity europejskiej, z której bylibyśmy dumni - oceniła minister. Kudrycka zaapelowała do całego środowiska akademickiego Krakowa, a przede wszystkim do naukowców UJ, aby "pokazali to światło, które powinno promieniować na wszystkie uczelnie, jak pracować, aby uzyskiwać najwyższej jakości rezultaty badań i najwyższej jakości metodologię pracy". Rektor UJ prof. Karol Musioł pokreślił, że właśnie z myślą o rozwoju uniwersytetu, a także szans studentów i absolwentów w nowoczesnym, rozwiniętym świecie, władze UJ budują III kampus uniwersytecki i z powodzeniem pozyskują unijne fundusze - dotąd ponad 650 mln zł. Rektor podkreślił, że mimo różnych wcześniejszych trudności budowa Kampusu 600-lecia Odnowienia UJ, zwanego III Kampusem, jest prowadzona konsekwentnie i na dużą skalę, a finansowanie przedsięwzięcia nie jest już zagrożone. - W Krakowie, 20 lat wydaje się być okresem krótkim. Ale to właśnie w Krakowie i Małopolsce widać chyba najpiękniej, jak wiele można osiągnąć, jak wiele można zrobić dla wspólnego dobra w tak krótkim czasie, jeżeli ludzie są wolni i sami mogą decydować o własnych sprawach - powiedział rektor UJ dziękując wielu osobom, które się do tego przyczyniły. W szczególności dziękował premierowi Tadeuszowi Mazowieckiemu "za pchnięcie pierwszego klocka domina, który spowodował upadek totalitarnego komunizmu w krajach Europy". Nie tylko działalność merytoryczna UJ jest wysoko oceniana w Polsce i na świecie ale też uniwersyteckie wino, otrzymane z białych winogron z własnej 4-hektarowej winnicy, założonej przed czterema laty. Rektor Musioł przypomniał, że w lipcu wino UJ zdobyło pierwszy medal - brązowy w konkursie winiarskim Vinoforum Trencin 2009, do którego zgłoszono 450 win z 18 krajów. Toast za pomyślność UJ, w dniu inauguracji nowego roku akademickiego, wzniesiono więc własnym uniwersyteckim winem. Uroczysta inauguracja została tradycyjnie została poprzedzona mszą św. w Kolegiacie św. Anny, którą odprawił kard. Stanisław Dziwisz, oraz pochód profesorów z najstarszego, średniowiecznego budynku UJ - Collegium Maius do jednego z najmłodszych - Audytorium Maximum. Przejście z Collegium Maius do Auditorium Maximum symbolizuje połączenie historii uniwersytetu ze współczesnością. Wykład inauguracyjny wygłosił w tym roku b. rektor UJ prof. Franciszek Ziejka nt. "Forteca polskości. O symbolice domu w literaturze polskiej czasów niewoli". Prof. Ziejka został uhonorowany podczas czwartkowej uroczystości uniwersyteckim Medalem Merentibus, a twórczyni Fundacji TVN "Nie jesteś sam" Bożena Walter oraz macedoński socjolog prof. Petry Georgiewski z Uniwersytetu Świętych Cyryla i Metodego w Skopje - odznaki Zasłużony dla UJ. 646. rok akademicki na UJ rozpoczęło na studiach magisterskich i licencjackich prawie 47 tys. studentów.