Sąd uznał, że prokuratura nie udowodniła winy oskarżonego w zakresie korupcji ani rzekomego fałszerstwa dokumentów. Ze względu na znikomą społeczną szkodliwość uniewinnił także oskarżonego od zarzutów podpisania rozliczeń podatkowych za żonę. Sprawa dotyczyła zarzutów sprzed kilkunastu lat; wyrok zapadł po 5-letnim procesie. Krakowska Prokuratura Okręgowa postawiła Janowi Kubikowi osiem zarzutów, w tym zarzut przyjęcia korzyści majątkowej. Jan Kubik - zdaniem prokuratury - jako dyrektor Izby Skarbowej w Krakowie domagał się i przyjął od krakowskiego biznesmena samochód volkswagen golf. Według prokuratury, miała to być "nagroda" za przekazane przez Jana Kubika informacje o kontrolach w firmach biznesmena. Do jego przekazania miało dojść na początku 1998 r. Samochód był wart 36,5 tys. zł, a biznesmen - według prokuratury - sfinansował zakup tego auta do kwoty 35,5 tys. zł. Auto zostało zarejestrowane na żonę ówczesnego posła. Byłemu posłowi zarzucono także trzykrotne podrobienie podpisu żony na zeznaniach podatkowych oraz na wniosku o rejestrację samochodu, a także zatajenie faktu posiadania samochodu w oświadczeniu majątkowym złożonym na ręce Marszałka Sejmu RP. Zarzuty dotyczyły także podrobienia upoważnienia, wystawionego oskarżonemu przez żonę. Na początku września 2004 roku ówczesny poseł sam zrzekł się immunitetu. W trakcie śledztwa nie przyznał się do stawianych mu zarzutów. Podważał wiarygodność zeznań biznesmena, od którego przyjął łapówkę i utrzymywał, że kupując samochód dla swojej żony kontaktował się wyłącznie z pracownikiem salonu. Zaprzeczył także, że składał podpisy za żonę. Sąd uznał, że prokuratura w oskarżeniach o korupcję oparła się na zeznaniach dwóch niewiarygodnych świadków. Zeznania te były sprzeczne ze sobą i nie miały potwierdzenia w innych dowodach. Zdaniem sądu, oparcie w dowodach miały natomiast wyjaśnienia oskarżonego, które potwierdzały także zeznania innych świadków. Sąd uniewinnił także oskarżonego od zarzutów fałszowania podpisów - z powodu braku dowodów przestępstwa lub znikomej społecznej szkodliwości czynu. Podpisanie przez oskarżonego PIT-ów za żonę nazwał sąd działaniem bezsensownym, wręcz "głupotą". Wyrok nie jest prawomocny. - Problem polega na tym, że nie można w postępowaniu karnym sprzeciwiać się faktom - powiedział po ogłoszeniu wyroku Jan Kubik. - Ten wyrok mówi sam za siebie - dodał obrońca oskarżonego mec. Zbigniew Kubicki. Jan Kubik od 1991 r. kierował krakowską Izbą Skarbową. Był posłem II kadencji (1993-1997) i za rządów ówczesnej koalicji SLD-PSL wiceministrem finansów, oraz IV kadencji (2001-2005). Po odejściu z resortu w końcu 1997 r. wrócił na stanowisko dyrektora krakowskiej Izby Skarbowej. Właśnie wtedy, według ustaleń prokuratury, miał przyjąć łapówkę. Obrońca Jana Kubika zgodził się na podawanie nazwiska swojego klienta.