Zdaniem sądu Prowincja oo. Dominikanów nie była uprawniona do ubiegania się o odszkodowanie za utracone dobra, ponieważ dobra te były wpisane w księgach wieczystych na rzecz klasztoru i tylko klasztor mógłby wystąpić z pozwem w tej sprawie. W pozwie pełnomocnik Polskiej Prowincji Zakonu Kaznodziejskiego (oo. dominikanów) w Warszawie z powodu nieuzgodnienia stanowiska przez Komisję Majątkową wnosił o przywrócenie Prowincji działek o pow. 13,3 ha lub przyznanie nieruchomości zamiennej. Gdyby zwrot okazał się niemożliwy - wnosił o odszkodowanie w wysokości blisko 97,9 mln zł, bo na tyle oszacowano wartość działek. Jak wskazano w pozwie, przejęte przez państwo nieruchomości służyły utrzymaniu seminarium duchownego przy Klasztorze oo. Dominikanów w Krakowie, którego formalnym zwierzchnikiem była i nadal pozostaje Polska Prowincja Zakonu Kaznodziejskiego w Warszawie. Prowincjał dominikanów wyjaśniał podczas procesu, że seminarium nie posiada odrębnej osobowości prawnej i jest wspólne dla całej prowincji. Podawał także, że chociaż krakowski klasztor i seminarium mają pewne elementy wspólne, jak np. kuchnię i pralnię, to w sensie prawa zakonnego są to odrębne jednostki. Reprezentujące pozwany Skarb Państwa Ministerstwo Finansów i Agencja Nieruchomości Rolnych podnosili, że Polska Prowincja oo. Dominikanów nie jest uprawniona do występowania o odszkodowanie za nieruchomości, które były własnością Klasztoru oo. Dominikanów w Krakowie. Pogląd ten podzielił w wyroku sąd. W toku procesu prowincja zrezygnowała z roszczenia dotyczącego zwrotu nieruchomości i w tym zakresie sąd postępowanie umorzył. W zakresie roszczenia o odszkodowanie powództwo zostało oddalone. Wyrok jest nieprawomocny. Pozew prowincji dominikanów wpłynął do sądu na początku lutego 2011 roku, jeszcze przed formalnym zakończeniem prac Komisji Majątkowej. Komisja przestała istnieć z początkiem marca 2011 r., po wejściu w życie nowelizacji ustawy o stosunku państwa do Kościoła katolickiego. Działała przez ponad 20 lat i decydowała o zwrocie Kościołowi katolickiemu nieruchomości Skarbu Państwa. Po zakończeniu prac komisji niezakończone sprawy rozstrzygane są przez sądy. W marcu 2011 r. do krakowskiej prokuratury wpłynęło zawiadomienie CBA o możliwości popełnienia przestępstwa przez Komisję Majątkową. Zawiadomienie dotyczyło m.in. doprowadzenia do niekorzystnego rozporządzenia mieniem Skarbu Państwa przez wprowadzenie w błąd Komisji Majątkowej co do uprawnienia Prowincji oo. Dominikanów do uzyskania zwrotu nieruchomości o łącznej pow. ponad 41,5 ha. Działki te zabrane zostały bowiem Klasztorowi oo. Dominikanów. Wszczęte w tej sprawie śledztwo zostało jednak umorzone.