Do odczytania aktu oskarżenia doszło w półtora roku po wyznaczeniu pierwszego terminu. Rozpoczęcie procesu stało się możliwe dopiero po wysłaniu listu gończego za Antonim J. i aresztowaniu go. Ze względu na konieczność ochrony dobrych obyczajów proces toczy się z wyłączoną jawnością. Jak dowiedziała się w sądzie, oskarżony podtrzymał swoje wyjaśnienia ze śledztw i nie przyznał się do winy. Po wysłuchaniu wyjaśnień oskarżonego sąd zwolnił go w środę z aresztu, uznając, że nie ma powodu do dalszego jego stosowania, ponieważ obecność oskarżonego na procesie nie jest już konieczna. Po złożeniu wyjaśnień przez Antoniego J., kolejne rozprawy mogą się toczyć bez jego obecności. Termin rozpoczęcia procesu był wyznaczony na kwiecień ub.r. Od tego czasu oskarżony zasłaniał się dolegliwościami zdrowotnymi i przed kolejnymi terminami rozpraw zgłaszał do szpitali, które zaraz potem opuszczał. Tymczasem sąd dysponował opiniami biegłych, że zarówno fizyczny, jak i psychiczny stan zdrowia Antoniego J. umożliwia mu uczestniczenie w rozprawach. Biegli informowali ponadto o możliwości symulowania choroby przez oskarżonego. Ostatecznie w pierwszej połowie 2009 r. sąd postanowił o ściganiu oskarżonego listem gończym i aresztowaniu go na trzy miesiące. Sąd uznał, że jedynie aresztowanie Antoniego J. może zapewnić prawidłowy tok postępowania sądowego. Do aresztowania doszło pod koniec lipca. Antoni J. odpowiada przed sądem za wyłudzenie 230 tys. zł z kierowanej przez siebie uczelni i wypowiadanie gróźb pod adresem dziennikarki, dotyczących m.in. nasłania przestępców, którzy ją zgwałcą. Ponadto - za czerpanie korzyści majątkowych i osobistych (w tym seksualnych) od studentów i doktorantów, handel tytułami naukowymi, przekroczenie uprawnień, nakłanianie do fałszywych zeznań i wykorzystywanie seksualne. Do sprawy włączony został także akt oskarżenia, który sporządziła w maju ub.r. krakowska prokuratura. Antoni J. został w nim oskarżony o finansowanie z pieniędzy szkoły swej kampanii wyborczej do Senatu w 2005 roku, o nakłanianie do fałszywych zeznań i wprowadzenie w błąd dwóch pokrzywdzonych co do wykonywania przez siebie zawodu lekarza i doprowadzenie ich do "innej czynności seksualnej" oraz - jednego z pokrzywdzonych - do obcowania płciowego. Akt oskarżenia początkowo trafił do sądu w Jarosławiu, ze względu jednak na tzw. ekonomikę procesową skierowano go później do sądu w Krakowie. Wyroki w sprawach przeciwko Antoniemu J. o wyłudzenia 230 tys. zł z budżetu uczelni i kierowania gróźb karalnych pod adresem dziennikarki zapadały już dwukrotnie przed sądem w Jarosławiu - najpierw osobno, potem łącznie - i dwukrotnie były uchylane. Za trzecim razem Sąd Rejonowy w Jarosławiu zwrócił się do Sądu Najwyższego o przekazanie sprawy do innego miasta. Także Sąd Najwyższy zdecydował, że proces o korupcję i czerpanie korzyści majątkowych i osobistych (w tym finansowych i seksualnych), w którym Antoni J. został już nieprawomocnie skazany przez rzeszowski sąd rejonowy na pięć lat więzienia, po uchyleniu tego wyroku ruszy przed sądem w Krakowie. Procesu tego nie chciały prowadzić ani sąd w Rzeszowie, ani w Jarosławiu. Wszystkie procesy połączone w jeden toczą się przed Sądem Rejonowym dla Krakowa Śródmieścia.