RPO uważa, że niektóre sformułowania ze stanowiska Rady Wydziału z 24 kwietnia budzą wątpliwości związane z zapewnianiem wolności nauki i słowa w murach UJ. W stanowisku Rada Wydziału protestuje przeciwko utożsamianiu rozprawy magisterskiej, podlegającej naukowej ocenie promotora i recenzenta, z autorską publikacją książkową, wydaną w niezależnym, prywatnym wydawnictwie. Rzecznik Janusz Kochanowski pisze, że podziela stanowisko rady w kwestii nieutożsamiania pracy magisterskiej z autorską publikacją książkową. Informuje także, że wystąpił do minister nauki po zarządzonej przez nią kontroli na UJ, "wskazując na konstytucyjne zasady wolności słowa i swobody prowadzenia badań naukowych i ogłaszania ich wyników" oraz że z zadowoleniem przyjął rezygnację minister z tej kontroli. Przyznaje jednak, że z pewnym niepokojem przyjął ten fragment uchwały Rady Wydziału, w którym członkowie Rady piszą: "szanując niezbywalne prawo każdego promotora do niezależnego wyboru tematu i zakresu prac dyplomowych, nad którymi sprawuje opiekę merytoryczno-metodologiczną, jednocześnie dostrzegamy potrzebę rozważnego ich dostosowywania do stopnia dojrzałości naukowej studenta, w szczególności w odniesieniu do zagadnień z najnowszej historii i zasad posługiwania się metodami badań historycznych". "Trzeba podkreślić, że powyższe stwierdzenie może w praktyce zaowocować poważnym ograniczeniem przy wyborze tematów prac magisterskich i dyplomowych, stwarzając swoisty efekt mrożący dla badań naukowych i publikacji ich wyników odnośnie do pewnych zagadnień historii, w tym w szczególności w odniesieniu do wciąż słabo poznanej historii współczesnej naszego kraju" pisze RPO w wystąpieniu. Jak podkreśla, "na szkodliwość w demokratycznym państwie prawa efektu odstraszającego dla wolności słowa i wypowiedzi zwracał w swoim orzecznictwie zarówno Europejski Trybunał Praw Człowieka w Strasburgu, jak i polski Trybunał Konstytucyjny". "Uniwersytet Jagielloński stanowi od setek lat jedną z najważniejszych polskich instytucji naukowych. Działalność Uniwersytetu zawsze była przedmiotem mojego wielkiego szacunku, a jego dorobek naukowy był i jest powodem do dumy Uniwersytetu, Krakowa i Polski. Dlatego też z tym większym trudem przychodzi mi podjęcie sprawy rodzących się wątpliwości związanych z zapewnianiem wolności nauki i słowa w murach tej szacownej uczelni" - pisze RPO, prosząc dziekana o przedstawienie wyjaśnień w tej sprawie. Sprawa dotyczy książki Pawła Zyzaka pt. "Lech Wałęsa. Idea i historia", wydanej przez wydawnictwo Arcana. Publikacja oparta jest na pracy magisterskiej, która została obroniona w czerwcu 2008 roku na Wydziale Historycznym UJ. Jej promotorem był prof. Andrzej Nowak, redaktor naczelny krakowskiego miesięcznika "Arcana". Książka Zyzaka wzbudziła duże kontrowersje. Autor napisał w niej m.in., że b. przywódca Solidarności był agentem SB i w czasach młodości miał nieślubne dziecko. W odpowiedzi na tę publikację b. prezydent zapowiedział m.in., że jeśli instytucje państwowe ostatecznie nie wyjaśnią zarzutów o jego agenturalne związki z SB, zrezygnuje z udziału w uroczystościach rocznicowych, odda nagrody, a nawet wyjedzie z kraju. Przy okazji publikacji książki Zyzaka po raz kolejny doszło też do debaty nad rolą IPN. Zyzak został zatrudniony w IPN na czas bezpłatnego urlopu innego pracownika. Prezes IPN Janusz Kurtyka podkreślał, że książka nie powstała w Instytucie, jej publikacja nie była finansowana przez IPN. Po publikacji minister nauki Barbara Kudrycka złożyła wniosek do Państwowej Komisji Akredytacyjnej o kontrolę na Wydziale Historii Uniwersytetu Jagiellońskiego, który potem wycofała.