Największe zagrożenie wystąpiło w 1997 i 1999 roku. Tysiące ludzi przyszło wtedy nad Wisłę obserwować, czy rzeka przeleje się przez wały. Brakowało zaledwie kilkunastu centymetrów, by rzeka wdarła się do miasta i zerwała najniżej położony most - Dębnicki. Gdyby woda wlała się do miasta, nastąpiłaby tragedia. Jak wstępnie wyliczono, zalana zostałaby ok. jedna czwarta miasta, np. ul. Piłsudskiego, Błonia, Dąbie itd. Ucierpiałoby przy tym co najmniej 20 kościołów, 10 muzeów, kilkadziesiąt antykwariatów i galerii, siedem szpitali, cztery teatry, trzy stacje pogotowia ratunkowego, 21 aptek, 19 urzędów pocztowych, 37 przedszkoli, 33 szkoły podstawowe, 37 ponadpodstawowych, 10 hoteli, 12 urzędów, 5 wyższych uczelni z Biblioteką Jagiellońską włącznie, 17 zakładów przemysłowych, 10 stacji benzynowych. Woda w historii Powodzie już się w Krakowie zdarzały. Pierwsze zapiski na ten temat pochodzą już z 1270 r. W dokumentach jest informacja, że podczas powodzi w 1527 r. utonęło 300 osób. W 1925 r. pod wodą znalazły się Groble, Błonia, ul. Wolska (dzisiejsza ul. Piłsudskiego), Garncarska, Dębniki i Zakrzówek. W parku Jordana woda miała głębokość ok. 1,5 m, a na ul. Powiśle pływano łódkami. Jedyną skuteczną obroną przed powodzią była budowa wałów przeciwpowodziowych. Pierwsze inwestycje poczyniły jeszcze na przełomie wieku XIX i XX ówczesne austriackie władze. Ale od tego czasu do powodzi praktycznie nie zajmowano się ich konserwacją. Budowla z kolejnymi latami niszczała, dopiero wezbrana rzeka bezlitośnie ujawniła jej dewastację. Żeby wały wytrzymały Po powodzi w 1997 r. zapadła decyzja, że przede wszystkim należy zabrać się za rekonstrukcję wałów. - W tej chwili niemal ukończyliśmy już modernizację obwałowań pomiędzy stopniem wodnym Dąbie a Kościuszko - mówi Marcin Stypa, dyrektor dywizji inżynieryjnej w Skanska SA. Prace kosztowały 70 milionów złotych, ale zachodnia część Krakowa jest w pełni zabezpieczona od tzw. wody stuletniej. W razie potrzeby wały w centrum miasta można podwyższyć specjalnymi ściankami. - W opracowaniu jest także koncepcja modernizacji wałów poniżej stopnia Dąbie, by zabezpieczyć przed powodzią Łęg i Lesisko - mówi Wacław Wojciechowski z wydziału bezpieczeństwa i zarządzania kryzysowego Urzędu Miasta Krakowa. Przyszłościowy kanał ulgi Gorsza od wody stuletniej jest tylko występująca rzadziej, bo zgodnie z nazwą woda tysiącletnia. Żeby jej uniknąć w Krakowie, na rzece Skawie od wielu lat budowany jest zbiornik retencyjny. Ta gigantyczna inwestycja pochłonęła już ok. 700 mln zł, a całość, która będzie gotowa dopiero w 2010 r., kosztować będzie między 1 a 1,2 miliarda zł. Pomocny w ratowaniu miasta przed powodzią ma być także Kanał Krakowski, czyli kanał Ulgi na Wiśle, którym nadmiar wody omijałby łukiem centrum miasta. W tym miesiącu znany będzie autor koncepcji i studium wykonalności tej budowy. - Dzięki temu miasto ma podstawy o staranie się o dofinansowanie tej ważnej inwestycji z budżetu państwa i Unii Europejskiej - mówi Wacław Wojciechowski. Miasto przystąpiło też do kompleksowego (a od czasu powodzi regularnego) udrażniania kanalizacji, która nie zawsze radziła sobie z odprowadzaniem wody.