Centrum relikwiarza stanowi ampułka z kroplą krwi błogosławionego. Na srebrnym brewiarzu przygotowanym z wotów kalwaryjskich pielgrzymów umieszczono herb Jana Pawła II oraz zdanie: "Tutaj moje serce pozostało na zawsze", które papież wypowiedział 19 sierpnia 2002 roku podczas ostatniej pielgrzymki do Kalwarii Zebrzydowskiej. Modlił się wówczas w kaplicy Matki Bożej Kalwaryjskiej na klęczniku, który stał się podstawą dla relikwiarza. Bernardyni przypomnieli, że bł. Jan Paweł II zawsze pragnął być blisko ludzi, dlatego relikwiarz został złożony w kaplicy Matki Bożej Kalwaryjskiej, gdzie jest dostępny dla wszystkich wiernych. Kalwaryjskie sanktuarium było szczególnym miejscem w życiu Karola Wojtyły. To ono - jak sam mówił - ukształtowało jego religijną osobowość i pobożność maryjną. - Tam na modlitwie, na dróżkach, szukałem natchnień w mojej służbie Kościołowi w Krakowie i w Polsce, tam podejmowałem wiele ważnych decyzji duszpasterskich. Tam właśnie, wśród wierzącego i modlącego się ludu, uczyłem się wiary, która jest mi przewodniczką także na Stolicy Piotrowej - powiedział Jan Paweł II 16 sierpnia 2002 roku. W sanktuarium pozostało wiele darów i pamiątek związanych z Janem Pawłem II. Papież przekazał m.in. różaniec, by zachęcać wiernych do modlitwy. Ofiarował też złoty krzyż z masą perłową, złotą różę papieską oraz pozłacaną monstrancję. W sanktuarium jest ornat, w którym odprawił ostatnią w Polsce mszę, oraz sutanna i piuska. Są także pamiątki z czasów, gdy Karol Wojtyła był metropolitą krakowskim - np. fotelik, na którym zawsze siadywał podczas uroczystości. Sanktuarium w Kalwarii Zebrzydowskiej jest jednym z głównych ośrodków kultu Maryjnego w Polsce. Jego fundatorami była w XVII w. rodzina Zebrzydowskich. Wokół niego powstały Dróżki Męki Pańskiej. Sanktuarium od początku opiekują się Bernardyni.