Na Litwę trafił tam po zwolnieniu ze służby w Komendzie Głównej Policji, gdzie był zastępcą szefa policji; nadzorował m.in. Centralne Biuro Śledcze i biuro Międzynarodowej Współpracy Policji. W październiku 2003 roku został zdymisjonowany. Nieoficjalnie mówiło się, że nie podobał się byłej władzy. Politycy SLD mieli mu za złe między innymi wykrycie takich afer jak Starachowice, czy powiązań polityków Sojuszu z gangsterami. SLD nie mogło mu zapomnieć, że Rapacki wysłał oficerów CBŚ na przyjęcie eseldowskich notabli. Miał tam pojawić się jeden z groźnych gangsterów, powiązany z grupą pruszkowską.