Obecnie Muzeum xx. Czartoryskich jest oddziałem Muzeum Narodowego w Krakowie. W warszawskiej siedzibie MKiDN minister kultury Bogdan Zdrojewski i książę Adam Czartoryski podpisali list intencyjny w sprawie utworzenia i prowadzenia wspólnej instytucji kultury pod nazwą Muzeum Książąt Czartoryskich w Krakowie. Sygnatariusze listu oświadczyli, że "intencją ich jest doprowadzenie do zawarcia umowy w sprawie utworzenia i prowadzenia jako wspólnej instytucji kultury pod nazwą "Muzeum xx. Czartoryskich w Krakowie". Podstawowym celem statutowym Muzeum Czartoryskich w Krakowie będzie "kształtowanie tożsamości narodowej społeczeństwa poprzez udostępnianie, przechowywanie i ochronę zbiorów (...), co stanowi wypełnienie woli twórców zbiorów Czartoryskich - księżnej Izabeli Czartoryskiej i ks. Władysława Czartoryskiego".