Problemy z zanieczyszczeniem powietrza biorą się na Podhalu m.in. z działających w prywatnych domach Podhala kotłowni i pieców, a także z małych zakładów, jak np. garbarnie czy piekarnie. Rejon nowotarski ma najbardziej zanieczyszczone powietrze w Małopolsce. Stężenie pyłów wynosi tam średnio 40 mikrogramów na metr sześcienny powietrza. Dzieje się tak głównie dlatego, że Nowy Targ leży w dolinie, w której gromadzą się chmury szkodliwych zanieczyszczeń. Przyjeżdżanie na Podhale dla czystego powietrza, a więc zdrowia, jest zatem mocno dyskusyjne. Niestety, dotyczy to także kurortów. Niedawno do władz uzdrowiska w Szczawnicy dotarła petycja od kuracjuszy. Wczasowicze skarżyli się, że powietrze, którym oddychali, było gorsze od tego w ich rodzinnych miejscowościach. Rozwiązaniem dla Nowego Targu czy Szczawnicy byłoby pójście drogą Zakopanego, które dziś ogrzewane jest głównie ze źródeł geotermalnych.