W sprawie oskarżonych jest dziewięć osób, w tym były pełnomocnik instytucji kościelnych Marek P. oraz siedmiu byłych członków Komisji. Z powodu wniosków czterech oskarżonych - Rajmunda J., ks. Mirosława P., Krzysztofa W. i Andrzeja M. - o wyłączenie ich spraw do odrębnego rozpoznawania i przekazanie do sądu w Warszawie sąd odroczył rozprawę do 10 kwietnia. Zobowiązał przy tym obrońców do sprecyzowania, których ze świadków wskazanych przez prokuraturę należałoby, ich zdaniem, przesłuchać w sprawie ich klientów. Obrońcy oskarżonych podnosili, że zarzuty wobec ich klientów dotyczą czynów popełnionych w Warszawie i nie są bezpośrednio związane ze sprawą głównego oskarżonego Marka P., a w przypadku przeniesienia procesu - zarówno oni jak i świadkowie - nie musieliby dojeżdżać z Warszawy do Krakowa. Podnosili także, że poprzez "medialność zarzutów" prokuratura usiłuje konstruować "aferę Komisji Majątkowej" i że sprawa "wyraźnie dzieli się na dwie części": korupcyjną Marka P. i Piotra P. oraz dotyczącą zarzutów w sprawie nieprawidłowości w komisji. Do wniosku obrońców, ze względu na ekonomikę procesową, przyłączył się oskarżyciel posiłkowy - prezes Towarzystwa Pomocy dla Bezdomnych im. św. Brata Alberta Ryszard Kryj-Radziszewski. Wnioskom sprzeciwiał się prokurator, argumentując, że rozpatrywanie tych wątków w osobnych postępowaniach doprowadziłoby do zamazania jednoznacznego i przejrzystego aktu oskarżenia oraz de facto do przedłużenia postępowania. Sąd podejmie decyzję w tej sprawie na następnej rozprawie. W procesie głównym oskarżonym jest Marek P. - były funkcjonariusz SB, który był pełnomocnikiem instytucji kościelnych w sprawach toczących się przed komisją i słynął z wyjątkowej skuteczności w odzyskiwaniu dla nich gruntów. Zgodnie z ustaleniami śledztwa miał też wyszukiwać rzeczoznawców, którzy wydawali fałszywe opinie na temat wartości ziemi, której zwrotu domagał się Kościół, korumpować członka komisji i działać na szkodę swoich kościelnych klientów. Inni oskarżeni to siedmiu byłych członków Komisji Majątkowej, z których jednemu prokuratura zarzuca przyjęcie od Marka P. korzyści majątkowych, a pozostałym wyrządzenie szkody w mieniu Skarbu Państwa o wartości ponad 33 mln zł i poświadczenie nieprawdy w dokumentach. O to ostatnie przestępstwo została także oskarżona była protokolantka komisji. W śledztwie oskarżeni nie przyznali się do winy. Na początku poniedziałkowej rozprawy sąd uwzględnił wniosek obrońców oskarżonych i wydał zgodę na rejestrację dźwiękową całego procesu. W poniedziałek na ławie oskarżonych zabrakło dwóch oskarżonych: Rajmunda J. i Krzysztofa W., którzy w pisemnych wnioskach prosili sąd o rozpoczęcie procesu mimo ich niestawiennictwa. Sąd uwzględnił te wnioski. Na początku stycznia sąd nie zgodził się na umorzenie postępowania wobec pięciu byłych członków Komisji. Wnioski w tej sprawie złożyli obrońcy: ks. Mirosława P., Piotra P., Krzysztofa W., Andrzeja M. oraz Rajmunda J. Wskazywali m.in., że oskarżeni w świetle prawa nie byli funkcjonariuszami publicznymi i w zakresie obowiązków nie mieli dbania o sprawy majątkowe Skarbu Państwa. Sąd uznał, że umorzenie byłoby przedwczesne i sprawę należy wyjaśnić w toku procesu. W lutym sprawa spadła z wokandy, ponieważ sąd na wniosek jednego z oskarżonych wyznaczył mu obrońcę z urzędu i odroczył rozprawę do 25 marca, by obrońca mógł się zapoznać z aktami. Komisja Majątkowa, która przestała istnieć na początku marca 2011 r., przez przeszło 20 lat decydowała o zwrocie Kościołowi katolickiemu nieruchomości Skarbu Państwa. Od jej orzeczeń nie przysługiwały odwołania. Komisja od 1989 r. przekazała stronie kościelnej ponad 65,5 tys. ha i 143,5 mln zł rekompensat. Rozpoznała ponad 2,8 tys. wniosków. Według mediów wartość zwróconego majątku sięgała 5 mld zł. Decyzja o likwidacji Komisji miała związek z krytyką jej działalności: media podawały, że nie weryfikowano wycen gruntów przedstawianych przez rzeczoznawców Kościoła - miały być zaniżane.