Najwięcej kontrowersji wokół mającej powstać Akademii Europejskiej budzi fakt, że Uniwersytet otrzymał w wieczyste użytkowanie prawie 3-hektarową działkę z pełnym kompleksem budynków, znajdującą się w centrum Zakopanego. Przeciwnicy pomysłu uważają, że miasta nie stać na pozbycie się, i to za darmo, tak intratnej nieruchomości. Jej wartość rynkowa sięga 30 mln złotych. Ponadto w przekazanym budynku mieści się szkoła o ponadstuletniej historii. Wielu mówi: "nie". Wśród nich są nauczyciele, a także wiceburmistrz zakopanego Jan Gluc. Pomysłu natomiast broni prof. Zdzisław Mach. Sprawą zajęła się reporterka RMF Dorota Sułkowska: