Pogrzeb na Wawelu odbywał się z zachowaniem elementów ceremoniału wojskowego: była asysta wojskowa, pododdziały Wojska Polskiego i orkiestra wojskowa. Kondukt z trumnami Lecha i Marii Kaczyńskich przybył na Wawel przed godz. 17.30. Tuż przed samym Wawelem lawety armatnie, na których przewożono trumny z Bazyliki Mariackiej, zatrzymały się, dalej żołnierze ponieśli trumny na ramionach. W Katedrze Wawelskiej trumny z ciałami Pierwszej Pary spoczęły przed ołtarzem koronacyjnym królów polskich na katafalkach nakrytych czarną tkaniną z motywami lilii andegaweńskiej. W krótkiej liturgii uczestniczyli rodzina i przyjaciele zmarłych, przedstawiciele polskich władz oraz delegacje z zagranicy. Obecny był także prezydent Gruzji Micheil Saakaszwili, który przybył do Krakowa spóźniony i nie uczestniczył w mszy pogrzebowej w Bazylice Mariackiej. Po nabożeństwie, tzw. ostatniej stacji, trumny z ciałami zostały zniesione do Krypty pod Wieżą Srebrnych Dzwonów, w której spoczywa marszałek Józef Piłsudski. W tej części uroczystości obecni byli tylko najbliższa rodzina i przyjaciele zmarłych. Trumny z ciałami pary prezydenckiej zostały złożone w sarkofagu wykonanym z onyksu miodowego. Ma on prostą, szlachetną formę prostopadłościanu. Na górnej płycie wykuto duży znak krzyża, na dłuższym boku umieszczono imiona i nazwiska pary prezydenckiej. Po złożeniu w krypcie na Wawelu trumien Marii i Lecha Kaczyńskich rozbrzmiało z sześciu armat 21 salw armatnich w hołdzie parze prezydenckiej. Gdy Wzgórze Wawelskie opuszczą oficjalne delegacje, wszyscy uczestniczący w pogrzebie przez cały wieczór i noc będą mogli wejść na Wawel, udać się do krypty pod Wieżą Srebrnych Dzwonów i złożyć hołd parze prezydenckiej.