Sprawa dotyczy książki Pawła Zyzaka "Lech Wałęsa. Idea i historia", opartej na jego obronionej w czerwcu 2008 roku na Uniwersytecie Jagiellońskim pracy magisterskiej. Książka została wydana przez wydawnictwo Arcana. Publikacja wzbudziła duże kontrowersje. Autor napisał w niej m.in., że b. przywódca Solidarności był agentem SB i w czasach młodości miał nieślubne dziecko. W odpowiedzi na tę publikację b. prezydent zapowiedział m.in., że jeśli instytucje państwowe ostatecznie nie wyjaśnią zarzutów o jego agenturalne związki z SB, zrezygnuje z udziału w uroczystościach rocznicowych, odda nagrody, a nawet wyjedzie z kraju. Rektor UJ prof. Karol Musioł w wydanym we wtorek oświadczeniu poinformował, iż "osobą odpowiedzialną za ocenę poziomu merytorycznego pracy magisterskiej jest promotor oraz recenzent". - Ani rektor, ani dziekan czy dyrektor instytutu nie wpływają na decyzję samodzielnych pracowników naukowych UJ. Promotorem pracy magisterskiej p. Pawła Zyzaka był prof. Andrzej Nowak, a recenzentem dr hab. Zdzisław Zblewski - napisał rektor UJ w oświadczeniu. Poinformował także, że "mgr Paweł Zyzak starał się o przejęcie na studia doktoranckie na Wydziale Historycznym we wrześniu 2008 r. Nie został przyjęty". Podał ponadto, że "oprócz autora, promotor i recenzent mogą stwierdzić w sposób wiarygodny, po jej przeczytaniu, czy praca magisterska autorstwa p. Pawła Zyzaka jest tożsama z opublikowaną książką". We wtorek oświadczenie w sprawie Zyzaka wydał także dyrektor krakowskiego IPN Marek Lasota. Odrzucił w nim obarczanie IPN odpowiedzialnością za treść książki Pawła Zyzaka. Poinformował, że przy zatrudnianiu Zyzaka na czas określony na stanowisku archiwisty w krakowskim oddziale IPN kierowano się wyłącznie jego kwalifikacjami, a fakt przygotowywania publikacji nie był znany pracodawcy.