Oskarżenie objęło zarząd rafinerii w latach 2002-2004: prezesa Grzegorza Ś. oraz członków zarządu Eugeniusza W. i Pawła K. oraz byłego dyrektora Urzędu Statystycznego Mariana S. Byłemu zarządowi rafinerii prokuratura zarzuciła narażenie Skarbu Państwa na uszczuplenia podatkowe z tytułu akcyzy w wysokości 298 mln zł w związku z produkcją i dystrybucją tzw. olejów technologicznych. Oskarżeni członkowie byłego zarządu odpowiedzą także za współudział w wyłudzeniu 161 mln zł przez sprzedaż tzw. oszustom paliwowym niepełnowartościowych wyrobów, o których wiedzieli, że będą wprowadzone do obrotu jako pełnowartościowe paliwa. Jak ustaliła prokuratura, rafineria produkowała tzw. wyroby technologiczne, według dokumentacji w istotny sposób różniące się od paliw. W rzeczywistości wyroby te tylko nielicznymi parametrami różniły się od paliw - i sprzedawano je jako paliwa. Według prokuratury, rafineria miała tego świadomość, bo w tym celu wytwarzała te wyroby, i powinna była od ich sprzedaży odprowadzać akcyzę. Jak twierdzi prokuratura, w celu wdrożenia produkcji zarząd rafinerii pozyskiwał nierzetelne opinie technologiczne i klasyfikacyjne, by nadać produktom pozór legalności i prawidłowości klasyfikacji. Na ich podstawie, w porozumieniu z ówczesnym dyrektorem Urzędu Statystycznego, uzyskał też nierzetelną i antydatowaną opinię urzędu, oraz wyłudził dokumenty poświadczające nieprawdziwy stan rzeczy z urzędu skarbowego Chrzanowie. Wytworzenie tych dokumentów miało zabezpieczyć rafinerię przed roszczeniami fiskusa - uważa prokuratura. Poświadczenie nieprawdy i antydatowanie dokumentacji to zarzuty dla dwóch członków zarządu rafinerii i byłego dyrektora Urzędu Statystycznego Mariana S. Wysokość strat Skarbu Państwa z tytułu nie odprowadzonej akcyzy prokuratura określiła na podstawie protokołów celnych i sporządzonych przez urząd kontroli skarbowej protokołów o nierzetelności ksiąg podatkowych. Mimo istnienia takich protokołów krakowski urząd skarbowy uznał pod koniec ub.r., że rafineria nie ma żadnych zaległości podatkowych. Wątek kontroli skarbowej prokuratura wyłączyła do osobnego badania, obecnie zajmuje się nim prokuratura w Katowicach. Początkowo prokuratura zarzuciła byłemu prezesowi rafinerii Trzebinia SA Grzegorzowi Ś. spowodowanie strat na szkodę Skarbu Państwa w kwocie blisko 800 mln zł. W październiku ub.r., na podstawie ustaleń śledztwa, zmieniła zarzuty wobec niego - ograniczyła ich zakres czasowy, zmniejszyła kwotę uszczupleń do ok. 200 mln zł i dodała współudział w oszustwie. Oskarżony Grzegorz Ś. w toku śledztwa pozwał ówczesnego szefa biura ds. przestępczości zorganizowanej Prokuratury Krajowej w Krakowie prok. Marka Wełnę o naruszenie dóbr osobistych. W czerwcu br. krakowski sąd uznał, że prokurator w wypowiedziach medialnych nie naruszył dóbr osobistych powoda i oddalił pozew Grzegorza Ś.