Rektor uczelni ks. prof. Jan Maciej Dyduch podkreślił w przemówieniu inauguracyjnym, że nowo utworzony Uniwersytet Papieski ma być "żywym pomnikiem" Jana Pawła II, a społeczność akademicka chce troszczyć się o jego dziedzictwo. - Program rejsu "naszej łodzi", naszego Uniwersytetu wyznacza Ewangelia, wyznacza nauczanie Jana Pawła II - mówił ks. rektor. - Nasz Uniwersytet, służąc prawdzie, chce głosić współczesnym ludziom prawdę o Bogu i o człowieku, chce głosić prawdę o wielkości i wspaniałości Boga oraz prawdę o godności człowieka - podkreślił ks. Dyduch. Podczas mszy św. w kolegiacie św. Anny kard. Stanisław Dziwisz mówił, że Uniwersytet Papieski Jana Pawła II to owoc "wieloletnich zmagań o miejsce katolickiej myśli i kultury" w panoramie polskich i krakowskich uczelni wyższych. Po usunięciu w 1954 r. Wydziału Teologicznego z UJ rozpoczął on trudną wędrówkę w kierunku przetrwania i samodzielności. Z tego wydziału powstała w 1981 r. Papieska Akademia Teologiczna. - Ten uniwersytet chce służyć. Chce towarzyszyć człowiekowi w jego poszukiwaniach prawdy i sensu. Chce służyć całemu społeczeństwu "światłem rozumu i wiary" - zaznaczył kard. Dziwisz, dziękując Benedyktowi XVI, który 19 czerwca tego roku zdecydował o przekształceniu PAT w Uniwersytet Papieski. Sekretarz generalny Konferencji Episkopatu Polski (KEP) bp Stanisław Budzik podkreślił w homilii, że Jan Paweł II "uczył nas trudnej wolności i konsekwentnej wiary", a wśród wielu pomników ku jego czci najpiękniejsze są te żywe, takie jak np. powołana przez KEP fundacja Dzieło Nowego Tysiąclecia, pomagająca zdolnej młodzieży, znajdującej się w trudnej sytuacji materialnej. - Dziś rozpoczynamy budowę nowego, wspaniałego pomnika, ufamy, że bardzo bliskiego sercu Jana Pawła. Tym pomnikiem jest Uniwersytet Papieski jego imienia - powiedział bp Budzik. Uniwersytet Papieski Jana Pawła II ma pięć wydziałów: teologiczny, filozoficzny, historii i dziedzictwa kulturowego, nauk społecznych oraz zamiejscowy teologiczny w Tarnowie. Wspólnie z innymi krakowskim uczelniami Uniwersytet Papieski jest zaangażowany w działalność Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych i Międzyuczelniany Instytut Muzyki Kościelnej. Na uczelni jest blisko 3,5 tys. studentów i 289 pracowników (w tym 193 naukowo-dydaktycznych). Nowe logo uczelni to dwa skrzyżowane klucze w kolorze ciemnego burgundu, umieszczone na białym tle. Na świecie jest kilkanaście uniwersytetów papieskich. Najbardziej znane działają m.in. w Rzymie i Salamance. Wszystkie wydziały, instytuty oraz kierunki takich uczelni ściśle podlegają władzy watykańskiej Kongregacji Edukacji Katolickiej. Starania o przekształcenie PAT w Uniwersytet Papieski Jana Pawła II trwały od kilku lat. Władzom uczelni bardzo zależało na takim uhonorowaniu papieża-Polaka, bo to właśnie Jan Paweł II w 1981 r. powołał PAT. Wówczas uczelnia miała 367 studentów i 46 pracowników. Senat PAT - w rezolucji przyjętej w kwietniu 2005 r. - zaznaczył, że byłoby to spełnienie woli zmarłego papieża.